Cụ thể, Kiểm toán Nhà nước cho biết, về quy mô đầu tư, giai đoạn 1 – 2 – 3 của Dự án đã ký hợp đồng BOT, gồm các hạng mục: cầu Đồng Nai mới (rộng 20m, dài 461,6m), nút giao Vũng Tàu (cầu vượt thép dài 238,4m, mặt cắt ngang cầu 4 làn xe, tổng bề rộng cầu B = 16m), nút giao Tân Vạn (gồm cầu vượt Tân Vạn, đường tuyến chính Quốc lộ 1 dài 1,3km, đường gom chui dưới cầu Tân Vạn, đường gom dưới dạ cầu Đồng Nai).
Ngoài ra còn bổ sung hạng mục sửa chữa, nâng cấp cầu Đồng Nai cũ; bổ sung hạng mục xây dựng trạm thu phí cầu Đồng Nai; bổ sung hạng mục xây dựng cầu vượt ngã tư Amata; bổ sung hạng mục xây dựng hầm chui dọc nút giao Tam Hiệp.
Giai đoạn 4 của Dự án được bổ sung các hạng mục tuyến nối Quốc lộ 1, Quốc lộ 51 với Quốc lộ 1K và cầu An Hảo. Các hạng mục cụ thể gồm: cầu An Hảo; hầm chui nút giao Vũng Tàu hướng rẽ trái từ Quốc lộ 51 đi TP. HCM; hệ thống thoát nước dọc một số đoạn tuyến Quốc lộ 1 từ nút giao Amata đến nút giao Vũng Tàu.
Tổng mức đầu tư giai đoạn 1 – 2 – 3 được điều chỉnh lần cuối là 2.202 tỷ đồng. Tổng mức đầu tư gồm cả giai đoạn 4 là 3.141 tỷ đồng.
"Tuy nhiên, sau 4 lần thay đổi điều chỉnh bổ sung hạng mục ngoài hợp đồng đã ký kết ban đầu, hoặc do phát sinh các yếu tố mới làm thay đổi phương án tổ chức giao thông… đã làm tăng giá trị đầu tư so với phê duyệt ban đầu tới 56,65% (tăng từ 2.005 tỷ đồng lên 3.141,6 tỷ đồng, tức tăng hơn 1.100 tỷ đồng).
Báo cáo của Kiểm toán nhà nước cũng cho biết, công tác thẩm định, phê duyệt dự toán và thiết kế các hạng mục thuộc giai đoạn 4 của dự án còn chưa chính xác, nhất là trong tính toán khối lượng thiết kế, áp dụng định mức, đơn giá dự toán. Một số hạng mục phát sinh chưa được cơ quan nhà nước có thẩm quyền quyết định.
Về tiến độ thực hiện dự án, thời gian dự kiến ban đầu là 24 tháng (hoàn thành tháng 6/2010) tuy nhiên do không giải phóng được mặt bằng và liên tục điều chỉnh, bổ sung hạng mục, đến tận tháng 3/2015, dự án mới hoàn thành các hạng mục chính và đưa vào khai thác, thu phí hoàn vốn. Như vậy, Dự án đã chậm tiến độ 5 năm.
Từ các kết quả trên, Kiểm toán Nhà nước kiến nghị xử lý tài chính các hạng mục đầu tư giai đoạn 1-2- 3 (Phụ lục hợp đồng BOT số 18) số tiền 131 tỷ đồng.
Trong đó, đối với Công ty Cổ phần Đầu tư và Xây dựng cầu Đồng Nai, điều chỉnh giảm giá trị quyết toán 50,6 tỷ đồng; giảm thuế giá trị gia tăng đầu vào được hoàn 1,7 tỷ đồng; chưa đủ điều kiện thanh toán 16,4 tỷ đồng; giảm chi phí lãi vay từ 8/4/2015 – 30/9/2017 là 13 tỷ đồng; giảm trích trước chi phí chi phí sửa chữa vừa và lớn đến 30/9/2017 là 31,3 tỷ đồng; giảm lợi nhuận bảo toàn vốn cho nhà đầu tư 2009 – 2016 là 4,7 tỷ đồng; giảm lãi tính cho phần sử dụng nguồn thu phí từ 1/1/2009 -30/9/2017 là 5,2 tỷ đồng.
Đối với Trung tâm phát triển quỹ đất tỉnh Đồng Nai – chi nhánh thành phố Biên Hòa, giảm giá trị quyết toán và nộp trả nhà đầu tư 1,4 tỷ đồng; nộp trả nguồn kinh phí tạm ứng chưa thực hiện cho nhà đầu tư 641 triệu đồng.
Đối với Ban quản lý dự án thành phố Biên Hòa, nộp trả cho nhà đầu tư 4,2 tỷ đồng.
Đối với Trung tâm phát triển quỹ đất tỉnh Bình Dương – chi nhánh thị xã Dĩ An, nộp trả nguồn kinh phí tạm ứng chưa thực hiện cho nhà đầu tư 1,37 tỷ đồng.
Đối với Ban quản lý dự án 7 – Bộ Giao thông vận tải, giảm giá trị quyết toán 556 triệu đồng.
Kiểm toán Nhà nước cũng kiến nghị xử lý tài chính các hạng mục đầu tư giai đoạn 4 (chưa ký hợp đồng BOT) là 25,7 tỷ đồng. Trong đó, Ban quản lý dự án cầu Đồng Nai mới và tuyến hai đầu cầu giảm giá trị thanh toán 5,8 tỷ đồng; giảm thuế VAT được hoàn 436 triệu đồng; chưa đủ điều kiện thanh toán 19,8 tỷ đồng.
