Tại Kết luận Thanh tra, Thanh tra Bộ Xây dựng đã nêu ra hàng loạt sai phạm trong công tác quản lý đầu tư xây dựng của Công ty CP DAP số 2 và Dự án xây dựng nhà máy sản xuất phân bón cao cấp DAP số 2 có công suất 330 nghìn tấn/năm tại Khu công nghiệp Tằng Loỏng (huyện Bảo Thắng, Lào Cai). Theo Thanh tra Bộ Xây dựng, công tác điều chỉnh dự án đầu tư xây dựng công trình còn sai sót, làm tăng tổng mức đầu tư gần 79,9 tỷ đồng. Bên cạnh đó, công tác đàm phán, ký kết hợp đồng với gói thầu EPC có nhiều bất cập dẫn đến giá một số hạng mục công trình và vật tư, thiết bị trong biểu giá hợp đồng cao hơn so với giá dự thầu, làm tăng giá trị hợp đồng hơn 145 tỷ đồng và hơn 2,5 triệu USD. Đồng thời, trong việc quản lý chuyên gia nước ngoài của Công ty cổ phần DAP số 2 cũng còn nhiều tồn tại. Cụ thể, chủ đầu tư không quản lý chuyên gia nước ngoài theo điều khoản trong hợp đồng thuê tư vấn về thời gian làm việc, khối lượng và tiến độ thực hiện công việc. Ban quản lý Dự án đầu tư xây dựng nhà máy DAP số 2 đã sử dụng chi phí quản lý dự án vượt hơn 25,7 tỷ đồng.
Ngoài ra, Công ty CP DAP số 2 cũng có sai sót trong nghiệm thu, thanh toán là vượt hơn 1,2 triệu USD tiền thuế giá trị gia tăng mua hàng nhập khẩu tại gói thầu EPC. Đơn vị này cũng không tính đúng tỷ trọng thanh toán của các thành phần chi phí như thiết kế/kỹ thuật/bản quyền, mua sắm, xây dựng dẫn đến thanh toán vượt gần 47.000 USD. Việc nghiệm thu, thanh toán thừa khối lượng quét nhựa đường chống thấm, thanh toán sai giá ghi thuộc hạng mục đường sắt làm sai tăng hơn 235 triệu đồng. Trước những sai phạm trên, Thanh tra Bộ Xây dựng yêu cầu Tập đoàn Hóa chất Việt Nam chỉ đạo, làm rõ trách nhiệm đối với các tổ chức, cá nhân đã để xảy ra những tồn tại, sai sót tại dự án thanh tra. Đồng thời chỉ đạo Công ty CP DAP số 2 khắc phục các tồn tại, nghiêm túc chấp hành các yêu cầu nêu trong kết luận, báo cáo kết quả thanh tra. Thanh tra Bộ Xây dựng yêu cầu Công ty CP DAP số 2 chỉ đạo các phòng, đơn vị liên quan kiểm điểm, xác định trách nhiệm đối với tập thể, cá nhân về những tồn tại, sai sót theo nội dung thanh tra, có báo cáo kết quả lên Thanh tra Bộ Xây dựng. Nhà thầu tư vấn thiết kế, tư vấn giám sát, nhà thầu thi công Dự án xây dựng nhà máy sản xuất phân bón cao cấp DAP số 2 cần kiểm điểm, rút kinh nghiệm đối với lãnh đạo, tổ chức, cá nhân liên quan trong việc để xảy ra tồn tại, sai sót với công tác lập dự án, nghiệm thu và thanh toán. Thanh tra Bộ Xây dựng cũng yêu cầu chủ đầu tư Dự án xây dựng nhà máy sản xuất phân bón cao cấp DAP số 2 điều chỉnh giảm tổng mức đầu tư với giá trị hơn 79,8 tỷ đồng do sai sót khi lập, phê duyệt điều chỉnh dự án và các số liệu tài chính khác là gần 26 tỷ đồng cùng hơn 1,3 triệu USD sai sót do nghiệm thu, thanh toán. Phương án đưa ra là giảm trừ khi thanh, quyết toán số tiền hơn 217 triệu đồng và hơn 1,3 triệu USD, thu hồi về tài khoản chủ đầu tư số tiền hơn 25,7 tỷ đồng. Mặt khác, do Tập đoàn Hóa chất Việt Nam là cổ đông chính của Công ty cổ phần DAP số 2 nên Thanh tra Bộ Xây dựng yêu cầu đơn vị này kiểm tra, làm rõ khoản tăng do đàm phán, ký kết hợp đồng tại gói thầu EPC là hơn 145,2 tỷ đồng và hơn 2,5 triệu USD, báo cáo kết quả gửi về Thanh tra Bộ Xây dựng để tổng hợp báo cáo Bộ trưởng Bộ Xây dựng.
