Tại Tờ trình gửi Quốc hội lần này, Chính phủ đề xuất Bộ GTVT là đầu mối tổ chức thực hiện đầu tư dự án thành phần cao tốc Bắc - Nam phía Đông thay vì giao UBND các tỉnh, thành phố có dự án đi qua triển khai đầu tư xây dựng như phương án trước đây.