Mục tiêu lập quy hoạch bảo tồn đa dạng sinh học phải phù hợp với quy hoạch tổng thể quốc gia, quy hoạch bảo đảm tính liên kết tổng thể trên phạm vi từng vùng, tính đồng bộ về phạm vi, thời kỳ quy hoạch, thứ tự ưu tiên và khả năng đáp ứng nguồn lực.