Kết luận do Trưởng đoàn KTNN Nguyễn Lệ Sơn ký ban hành chỉ rõ, gói thầu EX17 chưa thiết kế đầy đủ các hạng mục công trình để kết nối giữa các tòa nhà và hệ thống hạ tầng kỹ thuật xung quanh, thiết kế thiếu các hạng mục cần thiết để đưa tòa nhà vào hoạt động, dẫn đến phải điều chỉnh bổ sung nhiều hạng mục với tổng giá trị gần 12 tỷ đồng. Tiến độ thực hiện nhiều gói thầu còn bị chậm so với tiến độ cam kết trong hợp đồng, dẫn đến phải gia hạn bổ sung thời gian thực hiện từ 0,7 tháng đến 45 tháng.
Cũng theo kết luận kiểm toán, trong công tác nghiệm thu thanh toán còn tồn tại, sai sót trong tính toán khối lượng, áp dụng sai đơn giá cùng những sai sót khác dẫn đến sai lệch về chi phí với số tiền giảm trừ gần 34 tỷ đồng; chưa đủ điều kiện xác nhận chi phí đầu tư hoàn thành do hồ sơ nghiệm thu, thanh toán chưa đầy đủ theo quy định của hợp đồng kinh tế ký kết giữa các bên với giá trị hơn 105 tỷ đồng.
Điểm đáng chú ý khác, tính đến 30/9/2016, số tiền tạm ứng chưa được thu hồi theo quy định là hơn 357 tỷ đồng, trong đó chủ yếu là khoản tạm ứng xây dựng các khu tái định cư với giá trị trên 324 tỷ đồng. KTNN cũng đánh giá, phương án tài chính được lập dựa trên cơ sở tính toán, dự báo. Một số nguồn thu, hỗ trợ thực tế chưa có, do đó chưa đủ cơ sở để đảm bảo khả năng hoàn vốn, phát huy hiệu quả.
Phương án tài chính cũng chưa có ý kiến thẩm định của Bộ GTVT sau khi cập nhật, điều chỉnh một số chỉ tiêu như: Tổng mức đầu tư điều chỉnh từ 45.487 tỷ đồng thành 44.818 tỷ đồng; chi phí hỗ trợ bồi thường giải phóng mặt bằng tái định cư tăng 370 tỷ đồng; lãi vay VND trong thời gian vận hành giảm từ 11%/ năm xuống 10%/ năm từ 1/7/2016.
Sau khi điều chỉnh một số thông số đầu vào của phương án tài chính theo số liệu kiểm toán tại thời điểm 30/9/2016, thời gian hoàn vốn của dự án là 28 năm 8 tháng 27 ngày (giảm 1 năm 3 tháng 3 ngày so với phương án tài chính điều chỉnh của dự án đang trình Bộ GTVT thẩm định).
KTNN kiến nghị: Chủ đầu tư xử lý tài chính với tổng số tiền 325 tỷ đồng; đôn đốc thu hồi 357 tỷ đồng. Cho ý kiến về định mức thi công giếng cát D400 chưa có trong hệ thống định mức xây dựng đã công bố tạo điều kiện cho công tác quản lý tại dự án trong thanh toán, quyết toán.
Dự án đường ô tô cao tốc Hà Nội – Hải Phòng được Thủ tướng Chính phủ cho phép đầu tư theo hình thức hợp đồng BOT, nhà đầu tư đồng thời là chủ đầu tư của dự án là Tổng Công ty Phát triển hạ tầng và đầu tư tài chính Việt Nam (VIDIFI). Tuyến đường dài 105,5 km đi qua thành phố Hà Nội, tỉnh Hưng Yên, tỉnh Hải Dương và thành phố Hải Phòng.
