Trong kết luận thanh tra, Bộ Nông nghiệp và Phát triển Nông thôn chỉ rõ từ năm 2014, Vinafood 2 đã bán tài sản trên đất, đồng thời chuyển quyền sử dụng đất sai với quy định tại 3 lô đất với giá trị 114,7 tỷ đồng.
Trong đó, lô đất 697 m2 tại tỉnh Tiền Giang giá 179 triệu đồng; Ba cồn nuôi trồng thuỷ sản và tài sản đi kèm tại Công ty Nông sản thực phẩm Trà Vinh là 101,9 tỷ đồng; Căn nhà số 2 Điện Biên Phủ, thành phố Trà Vinh 12,6 tỷ đồng.
Kết luận thanh tra nêu rõ, việc sắp xếp nhà đất, tổng công ty không báo Bộ Nông nghiệp, Bộ Tài chính và UBND các tỉnh, thành phố là sai quy định tại Quyết định số 09/2007/QĐ-TTg của Thủ tướng Chính phủ về việc sắp xếp lại, xử lý nhà, đất thuộc sở hữu Nhà nước. Việc tổng công ty tự tính số tiền chuyển nhượng sau khi trừ các chi phí, số còn lại tạm nộp vào tài khoản của Cục Quản lý công sản, Bộ Tài chính cũng sai với quy định tại Thông tư số 41 của Bộ Tài chính.
Bên cạnh đó, số tiền mà Công ty Lương thực Tiền Giang đã hạch toán vào kết quả sản xuất kinh doanh năm 2015 với số tiền lãi 42 triệu đồng là sai với quy định.
Đối với việc quản lý, sử dụng vùng nuôi thuỷ sản tại Đồng Tháp, Bộ Nông nghiệp chỉ rõ, tổng công ty giao cho Công ty cổ phần Vĩnh Hoàn quản lý, sử dụng nhà máy chế biến và bảo quản thủy sản, thực phẩm và vùng ao nuôi thủy sản cồn Đông Giang từ ngày 1/4/2015 đến ngày 30/8/2016 nhưng không ký hợp đồng thuê khoán và không thu tiền.
Sau đó, đến tháng 6/2016 hai bên mới thỏa thuận để Công ty cổ phần Vĩnh Hoàn chi trả một phần chi phí cho tổng công ty với số tiền gần 5 tỷ đồng.
Không chỉ vậy, Vinafood 2 còn thuê nhà máy chế biến gạo của Công ty cổ phần Vĩnh Hoàn theo hợp đồng từ tháng 9/2014 đến 31/12/2015, với giá thuê 50 triệu đồng/tháng nhưng không có kế hoạch sử dụng. Đây là việc làm tùy tiện, không đúng quy định pháp luật về quản lý kinh tế và quy chế quản lý vốn, tài sản của tổng công ty; không công khai, thiếu minh bạch trong quản lý kinh tế.
Việc Vinafood 2 chuyển trách nhiệm chi trả giải phóng mặt bằng với 34 hộ dân từ Công ty TNHH Hai thành viên Thương mại - Dịch vụ - Xây dựng Việt Hân Sài Gòn sang tổng công ty cũng gây thất thoát ngân sách Nhà nước trên 54 tỷ đồng.
Bộ Nông nghiệp và Phát triển Nông thôn chỉ ra thêm, Vinafood 2 còn mắc hàng loạt sai phạm trong việc thực hiện các hợp đồng xuất khẩu gạo tập trung.
Cụ thể, Vinafood 2 chưa thực hiện đầy đủ trách nhiệm của thương nhân đầu mối như không xây dựng phương án dự thầu, đàm phán, ký kết hợp đồng tập trung có hiệu quả; không có phương án bằng văn bản triển khai thực hiện hợp đồng ngay sau khi ký hợp đồng tập trung; không có văn bản đánh giá về giá gạo xuất khẩu theo hợp đồng tập trung để so sánh với giá gạo xuất khẩu theo hợp đồng thương mại trên thị trường cùng thời điểm để đảm bảo hiệu quả xuất khẩu.
Trong năm 2014, Vinafood kinh doanh thua lỗ trước thuế là 873,3 tỷ đồng. Trong đó, 11/15 đơn vị có kết quả kinh doanh lỗ. Chỉ có 4 đơn vị còn lại lãi 5,3 tỷ đồng.
Năm 2015, lợi nhuận trước thuế của Vinafood 2 là 155 tỷ đồng nhưng chủ yếu thu từ bán tài sản tại khu đất 34,36,42 Chu Mạnh Trinh và 33 Nguyễn Du là 121,086 tỷ đồng. Kết quả này chưa bao gồm các khoản trích lập dự phòng theo quy định của Nhà nước đối với doanh nghiệp đang trong quá trình cổ phần hóa.
Kết quả hoạt động sản xuất kinh doanh quý 1 năm 2016 cho thấy, công ty mẹ có lợi nhuận trước thuế 51 tỷ đồng; các đơn vị phụ thuộc bị lỗ 46 tỷ đồng (11/14 đơn vị lỗ, 3/14 đơn vị có lãi).
Để xảy ra khuyết điểm, tồn tại nêu trên, Bộ Nông nghiệp chỉ rõ trách nhiệm thuộc về Hội đồng thành viên tổng công ty, Tổng giám đốc tổng công ty đồng thời là Chủ tịch Hiệp hội lương thực Việt Nam…
Tuy nhiên, Vinafood 2 mới chỉ xem xét xử lý trách nhiệm đối với Tổng giám đốc (Giám đốc) các Công ty cổ phần, không xem xét xử lý người đại diện phần vốn nhà nước tại doanh nghiệp.
Tổng Công ty không kiểm tra, đôn đốc việc xem xét xử lý cá nhân, tập thể của các đơn vị theo phân cấp đã có khuyết điểm, tồn tại theo Kết luận thanh tra.
Về xử lý sau thanh tra, Bộ NN-PTNT yêu cầu Vinafood 2 tiếp tục thực hiện những nội dung trong Kết luận thanh tra số 2734/KL-TTCP ngày 25/9/2015 của Thanh tra Chính phủ. Nghiêm túc triển khai thực hiện ý kiến chỉ đạo của Bộ Tài chính về việc bán tài sản; tiếp tục triển khai thực hiện cổ phần hóa Tổng Công ty theo đúng kế hoạch, tiến độ và quy định của pháp luật. Kiểm điểm và xử lý trách nhiệm đối với tập thể, cá nhân có những tồn tại, khuyết điểm và sai phạm nêu trên theo đúng quy định của pháp luật.
Nghiêm túc thực hiện ý kiến chỉ đạo của Thủ tướng Chính phủ tại Công văn số 1647/TTg-KTN ngày 15/9/2015 "Về việc thực hiện phương án sắp xếp lại cơ sở nhà, đất tại số 33 Nguyễn Du, 34,36 và 42 Chu Mạnh Trinh, Phường Bến Nghé, quận 1, TP HCM.
Bộ NN-PTNT cũng yêu cầu Vinafood 2 báo cáo kết quả thực hiện về Bộ trước ngày 15/8 tới để tổng hợp báo Thủ tướng Chính phủ.
>> Thêm một "con cưng" của Vinafood 2 chào sàn UpCOM với giá tham chiếu 41.500 đồng/cổ phiếu
