Đây là nội dung quan trọng nằm trong đồ án Quy hoạch bến xe, bãi đỗ xe, trung tâm tiếp vận và trạm dừng nghỉ trên địa bàn thành phố đến năm 2030, tầm nhìn đến năm 2050 đang được Sở Giao thông Vận tải Hà Nội cho trình UBND thành phố phê duyệt.
Theo đó, các bến xe này sẽ được chuyển chức năng thành các điểm đầu mối phục vụ giao thông công cộng (bãi đỗ xe, điểm trung chuyển xe buýt...), thay thế vào sẽ là các bến xe ở khu vực đường vành đai 4. Cụ thể:
Bến xe liên tỉnh Gia Lâm (diện tích 1,45ha) dự kiến sau năm 2020 chuyển thành bãi đỗ xe, điểm đầu cuối xe buýt, phục vụ vận tải hành khách nội đô. Các tuyến của bến xe Gia Lâm sẽ được chuyển về bến Cổ Bi, Đông Anh, Nội Bài và bến xe phía Nam (Ngọc Hồi).
Bến xe khách Mỹ Đình (diện tích 3,5ha) dự kiến sau năm 2025 chuyển thành bãi đỗ xe, điểm đầu cuối xe buýt, phục vụ vận tải hành khách nội đô. Các tuyến của bến xe Mỹ Đình sẽ được chuyển về bến Cổ Bi, Nội Bài, Phùng và bến xe phía Tây.
Bến xe khách Giáp Bát (diện tích 3,65ha) dự kiến sau năm 2020 chuyển thành bãi đỗ xe, điểm đầu cuối xe buýt, phục vụ vận tải hành khách nội đô. Các tuyến của Bến xe Giáp Bát sẽ được điều chuyển về bến xe Cổ Bi, Đông Anh, Yên Nghĩa và bến xe phía Nam (Ngọc Hồi).
Bến xe Nước Ngầm sẽ được nâng cấp cải tạo trong giai đoạn trước mắt, dự kiến sau năm 2025, khi xây dựng mới bến xe phía Nam thì chuyển thành đầu mối giao thông công cộng. Các tuyến của Bến xe Nước Ngầm sẽ được chuyển về Bến xe Cổ Bi và Bến xe phía Nam.
Đến thời điểm này, đồ án quy hoạch đã được Sở GT-VT Hà Nội báo cáo UBND thành phố 3 lần. Dự kiến, đồ án sẽ được phê duyệt trong quý II-2018.