Ngày 1/1/2019, Bộ Công an cho biết, Cục Cảnh sát điều tra tội phạm về tham nhũng, kinh tế, buôn lậu (C03) đã phối hợp với các đơn vị nghiệp vụ của Bộ Công an ra quyết định bắt khẩn cấp và khám xét đối với Ngô Bá Thắng, Giám đốc chi nhánh Long An vì che giấu doanh số thu phí, trốn thuế xảy ra tại các trạm thu phí trên tuyến cao tốc Thành phố Hồ Chí Minh - Trung Lương.
Cùng bị bắt với Ngô Bá Thắng để điều tra về vụ việc trên còn có Trần Văn Miền, Phó giám đốc chi nhánh Long An kiêm Trạm trưởng Trạm thu phí Chợ Đệm, Công ty Cổ phần Tập đoàn Yên Khánh; Tô Phước Hùng, Kế toán trưởng Công ty cổ phần Tập đoàn Yên Khánh; Nguyễn Thị Kim Huệ, Kế toán Công ty Cổ phần Tập đoàn Yên Khánh; Nguyễn Văn Hiền, Giám đốc Công ty TNHH Kỹ thuật Xuân Phi.
Quá trình khám xét đã thu giữ một số tài liệu, chứng cứ điện tử xác định các đối tượng nêu trên có hành vi mua bán, sử dụng phần mềm trái pháp luật để trốn thuế, gây thất thu cho ngân sách của nhà nước.
Hiện nay, Cục Cảnh sát điều tra tội phạm về tham nhũng, kinh tế, buôn lậu (C03) đang tiến hành điều tra mở rộng để xử lý các đối tượng theo đúng quy định của pháp luật và thu hồi tài sản cho Nhà nước.
Theo tìm hiểu của VietnamFinance, cao tốc Trung Lương dài gần 62 km, 6 làn xe với vận tốc 120 km/h được đầu tư gần 10.000 tỷ đồng, thông xe năm 2010, là cao tốc đầu tiên tại miền Nam. Mức phí từ 15.000 đến 180.000 đồng mỗi lượt xe, thời gian thu phí trên 20 năm.
Từ năm 2015, Bộ Giao thông Vận tải giao cho Tổng Công ty Cửu Long ký hợp đồng bán quyền thu phí sử dụng cao tốc TP HCM - Trung Lương cho Công ty Yên Khánh với giá trị trên 2.000 tỷ đồng, thời hạn 5 năm.
Trong suốt thời gian thu phí tuyến cao tốc này, Công ty Yên Khánh đã để xảy ra nhiều lùm xùm, đến nay, Bộ Công an đã vào cuộc và chính thức bắt hàng loạt lãnh đạo tại Công ty Cổ phần tập đoàn Yên Khánh vì sử dụng phần mềm điện tử để giấu tiền thu phí, trốn thuế.
Từ 1/1/2019, công tác quản lý cao tốc sẽ do Tổng cục Đường bộ Việt Nam (Bộ Giao thông Vận tải) thực hiện.