Trước đó, ông Vũ Văn Ninh đã bị Bộ Chính trị thi hành kỷ luật về Đảng do đã ký những nội dung trái với kết luận của Bộ Chính trị và Nghị định của Chính phủ về cổ phần hóa, thoái vốn nhà nước gắn với tái cơ cấu doanh nghiệp nhà nước... gồm: Ký các văn bản đồng ý cho giảm và thoái toàn bộ vốn nhà nước tại Công ty cổ phần cảng Quy Nhơn; Bán phần vốn nhà nước hiện có tại Công ty cổ phần cảng Quảng Ninh; Đồng ý chủ trương để UBND tỉnh Khánh Hòa sau khi nhận chuyển giao Công ty cổ phần cảng Nha Trang tiếp tục được thoái vốn nhà nước theo hướng nhà nước không nắm giữ cổ phần chi phối; Đồng ý chủ trương cổ phần hóa Công ty mẹ - Tổng công ty Cảng Hàng không Việt Nam (doanh nghiệp này không thuộc đối tượng cổ phần hóa); Đồng ý chủ trương cổ phần hóa 10 đoạn quản lý đường thủy nội địa, đây là các đơn vị sự nghiệp kinh tế chưa được quy định cổ phần hóa.
Nội dung những văn bản ông Vũ Văn Ninh đã ký nêu trên trái với kết luận của Bộ Chính trị và Nghị định của Chính phủ về cổ phần hóa, thoái vốn nhà nước gắn với tái cơ cấu doanh nghiệp nhà nước...
Bên cạnh đó, ông Vũ Văn Ninh còn thiếu trách nhiệm trong lãnh đạo, chỉ đạo, kiểm tra, giám sát, vi phạm Luật bảo hiểm xã hội, Nghị định của Chính phủ quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Bảo hiểm xã hội Việt Nam…
Ông Ninh đã để hai Tổng Giám đốc Bảo hiểm xã hội Việt Nam (năm 2008 - 2009) vi phạm nghiêm trọng các quy định của pháp luật trong việc ký các hợp đồng cho Công ty cho thuê tài chính II, là tổ chức tín dụng phi ngân hàng thuộc Ngân hàng Nông nghiệp và phát triển nông thôn Việt Nam vay 1.010 tỉ đồng.
Đến nay, Công ty cho thuê tài chính II đã phá sản, làm cho Nhà nước thiệt hại lớn số tiền gốc và tiền lãi, hai lãnh đạo Bảo hiểm xã hội Việt Nam và nhiều cán bộ, đảng viên liên quan bị khởi tố để điều tra hình sự.
Theo Bộ Chính trị, vi phạm, khuyết điểm của ông Vũ Văn Ninh là nghiêm trọng, làm thiệt hại rất lớn tiền của Nhà nước, ảnh hưởng xấu đến uy tín của tổ chức Đảng và cá nhân ông, gây dư luận xấu, cần phải thi hành kỷ luật nghiêm minh theo quy định của Đảng.
Quyết định thi hành kỷ luật đối với ông Ninh do Thủ tướng Chính phủ ký là để thực hiện yêu cầu của Bộ Chính trị về xử lý kỷ luật về hành chính tương ứng với xử lý kỷ luật về Đảng.
