Các dự án này bao gồm: dự án đường Lê Đức Thọ đến khu đô thị mới Xuân Phương (chủ đầu tư là CTCP Tasco); dự án xây dựng nút giao thông trung tâm quận Long Biên (chủ đầu tư là CTCP Him Lam), và dự án xây dựng tuyến đường liên tỉnh Hà Nội - Hưng Yên (đoạn trên địa phận Hà Nội, chủ đầu tư là CTCP Comaland).
Theo đó, tổng mức đầu tư dự kiến của 3 dự án này là hơn 4.421 tỷ đồng. Thế nhưng sau kiểm toán, KTNN chỉ xác nhận giá trị hợp đồng với cả 3 dự án là hơn 2.693 tỷ đồng, giảm đến hơn 1.727 tỷ đồng, tương đương gần 40% tổng giá trị dự án.
"Trong số này, dự án nút giao thông quận Long Biên bị giảm tới gần 1.080 tỷ đồng, chỉ còn 1.300 tỷ đồng, thay vì gần 2.480 tỷ đồng. Còn dự án đường Lê Đức Thọ đến khu đô thị mới Xuân Phương chỉ được xác nhận giá trị hơn 946 tỷ đồng, giảm hơn 597 tỷ đồng; dự án đường liên tỉnh Hà Nội - Hưng Yên được xác nhận 446 tỷ đồng, giảm hơn 50 tỷ đồng.
Nguyên nhân được xác định do giá trị nhà đầu tư ký kết hợp đồng, nghiệm thu, quyết toán với nhà thầu, chi phí lãi vay đều thấp hơn so với giá trị trong tổng mức đầu tư được xác định trong hợp đồng (cụ thể tại 3 dự án là hơn 980 tỷ đồng).
Ngoài ra, do KTNN giảm trừ hơn 747 tỷ đồng giá trị xây lắp; chi phí giải phóng mặt bằng; chi phí tư vấn, quản lý dự án và chi phí khác; chi phí lãi vay; chi phí dự phòng do việc xác định sai khối lượng, sai đơn giá, định mức; xác định chưa đúng chế độ, chưa hợp lý, chưa phù hợp với quy định của hợp đồng BT về các khoản mục chi phí.
Đáng chú ý, cả 3 dự án này đều được KTNN xác định chậm tiến độ và có nhiều sai phạm trong nguồn vốn.
Theo đó, KTNN đã kiến nghị UBND TP. Hà Nội chỉ đạo thương thảo với các nhà đầu tư điều chỉnh giảm giá hợp đồng BT của dự án nút giao trung tâm quận Long Biên và dự án đường liên tỉnh Hà Nội - Hưng Yên là hơn 1.130 tỷ đồng; cân đối diện tích, giá trị đất thanh toán cho nhà đầu tư. Với dự án của Tasco, KTNN kiến nghị giảm trừ giá trị hợp đồng hơn 194,6 tỷ đồng...
Không chỉ giảm trừ tổng mức đầu tư, KTNN còn kiến nghị xác định lại giá trị đất được giao cho chủ đầu tư. Cơ chế giao đất dự án đối ứng của dự án BT còn những bất cập: không quy định rõ thời điểm giao đất, dẫn đến có dự án được giao đất trước khi thực hiện dự án, có dự án được giao trong khi thực hiện và có dự án làm xong vẫn chưa được giao đất (567 ha đất tại 4 vị trí của Dự án nút giao trung tâm quận Long Biên và dự án đường liên tỉnh Hà Nội - Hưng Yên).
Thời điểm giao đất và cách thức tạm tính tiền sử dụng đất được KTNN cho rằng tiềm ẩn nguy cơ dẫn đến lãng phí ngân sách do giá trị hợp đồng BT tạm tính cao hơn rất nhiều thực tế thực hiện, thời gian thi công dự án BT kéo dài và tiền sử dụng đất tạm tính chưa sát nên giá trị tiền sử dụng đất nhà đầu tư phải nộp thường thấp hơn giá trị khi quyết toán công trình.