Cụ thể, tại dự án đầu tư xây dựng công trình văn phòng, dịch vụ công cộng, nhà ở và trường học tại 310 Minh Khai do liên danh giữa Vinaconex 3 và Công ty TNHH MTV Mai Động và làm chủ đầu tư, Thanh tra Chính phủ cho biết, đây nguyên là cơ sở sản xuất của Công ty TNHH MTV Mai Động, được UBND TP Hà Nội cho phép đầu tư dự án trên diện tích đất là 27.532m2; tổng mức đầu tư 585.032,70 triệu đồng, thời gian thực hiện dự án từ quý I/2006 đến quý II/2009.
Ngày 28/2/2008, UBND TP Hà Nội có văn bản số 1247/UBND-KT chấp nhận đơn giá thu tiền sử dụng đất dự án bằng 1,2 lần Mức 1 giá ở vị trí 1 đường Tam Trinh áp dụng cho năm 2008, tiền sử dụng đất Chủ đầu tư phải nộp là 96.360 triệu đồng (đã nộp đủ 96.360 triệu đồng vào tài khoản của Sở Tài chính).
Tuy nhiên, Thanh tra Chính phủ cho biết,việc Chủ đầu tư nộp tiền vào tài khoản của Sở Tài chính là vi phạm Luật Ngân sách; Đồng thời, việc UBND Thành phố xác định nghĩa vụ tài chính cho Dự án theo phương thức áp đơn giá theo bảng giá đất do UBND Thành phố ban hành áp dụng cho năm 2008, mà không tiến hành đấu giá quyền sử dụng đất là vi phạm Quyết định 216/2005/QĐ-TTg ngày 31/8/2005 của Thủ tướng Chính phủ về quy chế đấu giá quyền sử dụng đất để giao đất có thu tiền sử dụng đất; vi phạm Luật Đất đai.
Mặt khác, Liên ngành của Thành phố chưa tính bổ sung tiền sử dụng đất đối với việc điều chỉnh quy hoạch tăng tầng, tăng diện tích sàn xây dựng, tăng hệ số sử dụng đất và 400m2 đất tại khu vực giữa 02 nhà ở chung cư 15 tầng mà Công ty Mai Động sử dụng để kinh doanh dịch vụ cũng gây thất thu ngân sách Nhà nước.
Đoàn Thanh tra xác định tiền sử dụng đất Công ty Mai Động với Đơn giá bằng 1,2 lần đơn giá do Thành phố quy định cho năm 2015 tại vị trí 1 đường Tam Trinh, số tiền đơn vị phải nộp là 12.672,0 triệu đồng.
Tại Dự án Khu nhà ở Trung Văn (tại Phường Trung Văn, Mễ Trì thuộc quận Nam Từ Liêm) được UBND TP Hà Nội phê duyệt quy hoạch chi tiết tỉ lệ 1/500 tại Quyết định số 27/2004/QĐ-UB ngày 25/2/2004, với tổng diện tích đất trong ranh giới quy hoạch là 158.500m2; tổng mức đầu tư 1.071.507,6 triệu đồng; tiến độ thực hiện từ quý I/2005 đến quý IV/2013.
Về tiền sử dụng đất của dự án: Ngày 13/2/2007, Liên ngành gồm các Sở: Tài chính, Tài nguyên và Môi trường và Cục thuế có Tờ trình số 634/TTrLN-TC-TNMT-CT về việc xác định giá đất để thu tiền sử dụng đất, với số tiền sử dụng đất phải nộp là 61.725,60 triệu đồng; đồng thời đề nghị UBND Thành phố tiếp tục thực hiện Quyết định số 123/2001/QĐ-UB đối với dự án, cụ thể: Diện tích 8.573m2 bàn giao cho Thành phố không được thanh toán chi phí đầu tư xây dựng hạ tầng.
Tiền sử dụng đất của ô CT1 thuộc quỹ đất 20% là 58.398,14 triệu đồng và tiền sử dụng đất sàn tầng hầm xây vượt ngoài diện tích xây dựng là 42.482,88 triệu đồng. Công ty đã nộp số tiền sử dụng đất là 162.606,02 triệu đồng.
Khi xác định số tiền sử dụng đất phải nộp, liên ngành của Thành phố đã đưa chi phí dự phòng vào tổng chi phí phát triển là không đúng với quy định tại Thông tư số 145/2007/TT-BTC của Bộ Tài chính, gây thất thu ngân sách Nhà nước số tiền lớn.
Việc thực hiện nghĩa vụ theo Quyết định 123/2001/QĐ-UB: Đối với ô đất CT1 (thuộc quỹ đất 20%) là đất đã có hạ tầng, theo quy định phải được tổ chức đấu giá, nhưng Thành phố thực hiện giao đất cho Chủ đầu tư với số tiền sử dụng đất là 58.398,14 triệu đồng, bình quân 6,85 triệu/m2, đã làm lợi cho Nhà đầu tư, gây thất thu ngân sách Nhà nước. Chưa đúng với Quyết định 216/2005/QĐ-TTg ngày 31/08/2005 của Thủ tướng Chính phủ về quy chế đấu giá quyền sử dụng đất để giao đất có thu tiền sử dụng đất; vi phạm Luật Đất đai.
Sau quá trình thanh tra các dự án, Thanh tra Chính phủ đã có văn bản kết luận, kiến nghị xử lý trách nhiệm: UBND TP Hà Nội tổ chức kiểm điểm trách nhiệm của tập thể, cá nhân qua các thời kì để xảy ra sai phạm.
Căn cứ vào kết quả kiểm điểm, có biện pháp xử lý đối với những tập thể, cá nhân trong việc thực hiện chức năng, nhiệm vụ được giao, đối với những hành vi nếu có dấu hiệu cấu thành tội phạm, yêu cầu chuyển cơ quan điều tra xem xét, xử lý theo quy định của pháp luật.
