Mục tiêu xây dựng KKT Nam Phú Yên phù hợp với chiến lược phát triển quốc gia biển, chiến lược phát triển kinh tế biển Việt Nam; xây dựng KKT Nam Phú Yên thành vùng kinh tế động lực của tỉnh Phú Yên; có hệ thống cơ sở hạ tầng kỹ thuật-xã hội đồng bộ, hiện đại; không gian kiến trúc cảnh quan, đô thị văn minh, tiên tiến, môi trường bền vững và sử dụng đất đai hiệu quả; làm cơ sở pháp lý để triển khai các quy hoạch phân khu, quy hoạch chi tiết các khu chức năng và các dự án đầu tư xây dựng thuộc KKT.
Ngoài ra, KKT Nam Phú Yên có tính chất là KKT biển đa ngành, đa lĩnh vực với trọng tâm phát triển là công nghiệp công nghệ cao; các ngành công nghiệp gắn với cảng biển; du lịch sinh thái; đô thị dịch vụ thương mại - du lịch sông, biển gắn với việc khai thác sân bay Tuy Hòa và hệ thống cảng biển.
Xây dựng KKT Nam Phú Yên thành một trung tâm dịch vụ và du lịch cấp quốc gia và khu vực. Tạo điểm bứt phá về kinh tế-xã hội trong khu vực Nam Trung Bộ, tạo sự liên kết phát triển giữa các tỉnh vùng Duyên hải Nam Trung Bộ và Tây Nguyên.
Phạm vi lập quy hoạch KKT Phú Yên có diện tích khoảng 20.730 ha, bao gồm toàn bộ địa giới hành chính các phường Phú Lâm, Phú Thạnh, Phú Đông thuộc thành phố Tuy Hòa và các xã Hòa Hiệp Bắc, Hòa Hiệp Trung, Hòa Hiệp Nam, Hòa Tâm, Hòa Xuân Đông, Hòa Vinh và một phần các xã Hòa Xuân Tây, Hòa Tân Đông, Hòa Xuân Nam, Hòa Thành thuộc huyện Đông Hòa, tỉnh Phú Yên.
Về ranh giới lập quy hoạch, phía Bắc giáp sông Đà Rằng, phía Nam giáp huyện Vạn Ninh (tỉnh Khánh Hòa), phía Đông giáp biển Đông và phía Tây hành lang cao tốc Bắc - Nam.
KKT Nam Phú Yên có dân số hiện trạng khoảng 140.000 người, dự báo sơ bộ dân số đến năm 2030 khoảng 170.000 - 180.000 người. Đến năm 2040, dự báo sơ bộ quy mô dân số khoảng 220.000 - 250.000 người. Dự báo đất xây dựng KKT đến năm 2040 khoảng 11.000 - 12.000 ha.
Các chỉ tiêu về hạ tầng xã hội, hạ tầng kỹ thuật áp dụng theo yêu cầu, tiêu chuẩn hiện hành của đô thị loại II.
