Thủ tướng Nguyễn Xuân Phúc trực tiếp làm Trưởng ban Ban Chỉ đạo quốc gia xây dựng đơn vị hành chính - kinh tế đặc biệt
Ủy viên Bộ Chính trị, Phó Thủ tướng Thường trực Chính phủ Trương Hòa Bình làm Phó Trưởng Ban Thường trực BCĐ.
Ông Phạm Minh Chính, Ủy viên Bộ Chính trị, Trưởng Ban Tổ chức Trung ương và ông Uông Chu Lưu, Ủy viên Ban Chấp hành Trung ương Đảng, Phó Chủ tịch Quốc hội làm Phó Trưởng BCĐ.
Ông Nguyễn Chí Dũng, Ủy viên Ban Chấp hành Trung ương Đảng, Bộ trưởng Bộ Kế hoạch và Đầu tư và ông Lê Vĩnh Tân, Ủy viên Ban Chấp hành Trung ương Đảng, Bộ trưởng Bộ Nội vụ làm Ủy viên thường trực. Các ủy viên khác là lãnh đạo các cơ quan, bộ, ngành, địa phương liên quan.
BCĐ có nhiệm vụ chỉ đạo phối hợp giải quyết những công việc quan trọng, liên ngành thuộc thẩm quyền của Chính phủ, Thủ tướng liên quan đến các đơn vị hành chính - kinh tế đặc biệt.
Hoạt động, phân công trách nhiệm cụ thể đối với các thành viên của Ban Chỉ đạo thực hiện theo Quy chế hoạt động của Ban Chỉ đạo do Thủ tướng Chính phủ ban hành.
Bộ Kế hoạch và Đầu tư là cơ quan thường trực BCĐ và thành lập Tổ giúp việc Ban Chỉ đạo gồm đại diện Bộ Kế hoạch và Đầu tư, Văn phòng Chính phủ, Bộ Nội vụ, Bộ Tư pháp và một số cơ quan liên quan.
Kinh phí hoạt động của Ban Chỉ đạo do ngân sách nhà nước đảm bảo và được bố trí trong dự toán chi hoạt động hàng năm của Bộ Kế hoạch và Đầu tư theo quy định của Luật Ngân sách nhà nước.
