Theo Hội đồng xét xử, hành vi của ông Tuấn cùng 11 bị cáo đã xâm phạm đến trật tự quản lý nhà nước trong lĩnh vực đấu thầu trang thiết bị y tế, gây hậu quả đặc biệt nghiêm trọng, ảnh hưởng đến uy tín ngành y tế và bệnh viện Tim Hà Nội, làm giảm sút niềm tin của nhân dân, cần có hình phạt nghiêm khắc.
Trong đó, ông Tuấn có vai trò chính, các cựu cán bộ của bệnh viện Tim Hà Nội có vai trò giúp sức tích cực trong việc can thiệp trái pháp luật vào quá trình triển khai các đấu thầu. Trong khi đó, nhóm bị cáo thuộc nhà thầu lợi dụng sự quen biết với ông Tuấn, sử dụng các hành vi gian lận khi tham gia đấu thầu, từ đó hưởng lợi bất chính số tiền lớn.
Đối với ông Tuấn còn có tình tiết tăng nặng là phạm tội nhiều lần.
Tuy nhiên, tình tiết giảm nhẹ gồm hành vi của bị cáo diễn ra trong bối cảnh vật tư y tế thiếu, quy định pháp luật còn bất cập, vì nôn nóng mà dẫn tới sai phạm.
Ông Tuấn cũng có nhiều đóng góp về mặt chuyên môn y tế, từng được tặng thưởng nhiều huân, huy chương cao quý, từng trực tiếp khám, chữa bệnh cho nhiều người, được nhân dân khen ngợi.
Quá trình giải quyết vụ án, ông Tuấn cũng đã thành khẩn, tự nguyện nộp số tiền hưởng lợi 10.000 USD. Gia đình bị cáo còn nộp thêm 6 tỉ đồng, dù bị cáo không có trách nhiệm phải bồi thường.
Do đó, Hội đồng xét xử tuyên phạt bị cáo Nguyễn Quang Tuấn 3 năm tù giam, thấp hơn so với đề nghị của viện kiểm sát.
Đối với 11 bị cáo khác cũng bị tuyên từ 24 tháng tù treo đến 3 năm 6 tháng tù giam.
Cụ thể, đối với các bị cáo từng là cán bộ Bệnh viện Tim gồm bà Nguyễn Thị Dung Hạnh (sinh năm 1969, nguyên Kế toán trưởng, Trưởng Phòng Tài chính kế toán) 2 năm tù; Hoàng Thị Ngọc Hưởng (sinh năm 1961, nguyên Phó Giám đốc), Đoàn Trọng Bình (sinh năm 1960) và Nghiêm Tuấn Linh (sinh năm 1980, đều nguyên là Phó trưởng Phòng Vật tư y tế) cùng bị phạt 2 năm 6 tháng tù.
Ba bị cáo thuộc Công ty Cổ phần thiết bị y tế Hoàng Nga (viết tắt là Công ty Hoàng Nga) gồm Nguyễn Đức Đảng (sinh năm 1976, Chủ tịch Hội đồng quản trị) 3 năm 6 tháng tù; Phạm Huy Lập (sinh năm 1952, Giám đốc) 2 năm 6 tháng tù nhưng cho hưởng án treo; Phạm Thị Kim Oanh (sinh năm 1981, Kế toán Trưởng) 2 năm tù.
Bị cáo Phan Tuấn Đạt (sinh năm 1967) nguyên Chủ tịch Hội đồng quản trị, nguyên Phó Giám đốc Công ty Cổ phần công nghệ sinh học Kim Hòa Phát (viết tắt là Công ty Kim Hòa Phát) 2 năm tù nhưng cho hưởng án treo.
Ba bị cáo thuộc Công ty Cổ phần đầu tư và định giá AIC Việt Nam (viết tắt là Công ty định giá AIC) gồm Trần Phú Hưng (sinh năm 1976, Phó Tổng Giám đốc) 2 năm 6 tháng tù; Nguyễn Hồng Dũng (sinh năm 1982, Phó Tổng Giám đốc, Thẩm định viên) 2 năm tù; Nguyễn Trung Dũng (sinh năm 1989, nhân viên thẩm định giá) 23 tháng 8 ngày tù (bằng thời gian bị tạm giam nên được trả tự do ngay sau phiên tòa).
Ngoài trách nhiệm hình sự, tòa án xác định 2 công ty Hoàng Nga và Kim Hòa Phát phải bồi thường toàn bộ số tiền thiệt hại hơn 53,6 tỉ đồng. . Sau khi trừ số tiền các bị cáo đã nộp khắc phục trước đó, bị cáo Đảng và vợ là Phạm Thị Kim Oanh phải liên đới bồi thường hơn 10 tỉ đồng còn lại.