Tọa lạc tại núi Ba Đèo, được bao bọc bởi rừng thông xanh rì, Bảo Hải Linh Thông Tự có tầm nhìn ôm trọn vịnh biển Hạ Long thơ mộng. Có lẽ chính bởi vị trí đắc địa này mà Đại lão hòa thượng Thích Trí Tịnh - Phó Pháp chủ Hội đồng chứng minh Giáo hội Phật giáo Việt Nam đã đích thân đặt tên cho quần thể tâm linh trên đỉnh Ba Đèo là Bảo Hải Linh Thông Tự. Tên gọi có hàm nghĩa: “Ngôi chùa linh thiêng nằm giữa đồi thông xanh mát”; “Bảo vật gìn giữ, bảo vệ cho thành phố biển Hạ Long được bình an, thịnh vượng”.
Để tới quần thể tâm linh này, du khách sẽ đi qua cầu May, cây cầu bắc qua một thung lũng xanh, nối từ vườn Nhật thuộc Sun World Halong Complex tới không gian thiền tự đậm chất tâm linh truyền thống Việt của Bảo Hải Linh Thông Tự.
Mang đậm kiến trúc chùa Việt cổ thế kỷ 17,18, toàn bộ các công trình trong quần thể Bảo Hải Linh Thông Tự (trừ Ngũ Phương Bảo Tháp) đều được làm bằng gỗ lim. Đây cũng là một trong số ít các công trình tâm linh tại Việt Nam được kiến tạo hoàn toàn từ gỗ, với điểm nhấn là bộ khung gỗ mái dạng “giá chiêng, chồng rường tiêu biểu trong lối kiến trúc chùa Việt cổ thế kỷ 17.
Tinh thần Phật giáo toát lên trong mọi nét kiến trúc của Bảo Hải Linh Thông Tự, với các biểu tượng hoa sen, vân mây được cách điệu tinh xảo. Hình tượng hoa sen được thể hiện trên từng chi tiết chạm khắc trang trí nơi khung cửa gỗ, biểu tượng lá sen xuất hiện trên các xà. Không chỉ chi tiết trang trí hai bên của các bậc đá mà các chi tiết góc mái cũng được cách điệu thành hình mây, tạo nên một sự đa dạng, phong phú trong nghệ thuật tạo hình trang trí tại quần thể.
Toàn bộ quần thể tâm linh Bảo Hải Linh Thông Tự có tổng diện tích 4000m2, gồm các hạng mục: Tam quan, Ngũ Phương Bảo Tháp, Lầu chuông, Lầu Khánh, Tam bảo, Nhà tổ, Nhà mẫu, với hai bên hành lang tả vu, hữu vu.
Điểm nhấn của công trình là Ngũ Phương Bảo Tháp được thiết kế theo mô hình ngũ phương Phật, gồm 5 tháp, tượng trưng cho 5 phương: Đông, Tây, Nam, Bắc, Trung tâm; 5 bộ: Bảo Bộ, Liên Hoa Bộ, Kim Cang Bộ, Nghiệp Bộ, Phật Bộ; 5 sắc: Xanh, Đỏ, Vàng, Trắng, Đen. Trong đó, tháp trung tâm gồm 9 tầng, cao 25,2m, bên trong đặt tượng Phật và cột kinh cao 4m, được lấy theo mẫu cột kinh Phật có niên đại từ 1000 năm trước tại chùa Nhất Trụ (Hoa Lư, Ninh Bình), với mong muốn nguyện cầu bình an cho muôn dân, cho đất nước… Bốn tháp xung quanh mỗi tháp gồm 5 tầng, cao 12,1m. Toàn bộ 5 khối tháp của Ngũ Phương Bảo Tháp được làm bằng đá hoa cương lắp ghép nguyên khối, liên kết bằng mộng đá. Bên trong tháp, phần nội thất được ốp đá cẩm thạch (marble) nhập từ Ấn Độ.
Bảo Hải Linh Thông Tự cũng sở hữu hệ thống tượng được tạo tác đặc biệt kỳ công, với tổng số 106 bức. Trong đó có 66 pho tượng đồng được tạo tác theo nguyên mẫu thờ tại các Chùa cổ Bắc Bộ như Chùa Bà Đá, Chùa Vua, Chùa Mía, Chùa Tây Phương (Hà Nội), chùa Vĩnh Nghiêm (Bắc Giang)...
Theo nghệ nhân tượng Phạm Bá Đua- người chịu trách nhiệm tạo tác hệ thống tượng tại Bảo Hải Linh Thông Tự, các tượng đồng tại quần thể này đều được chế tác bởi công nghệ đúc đồng khuôn vỏ mỏng hiện đại nhất và cũng công phu nhất hiện nay. Bởi thế, các chi tiết trên mỗi bức tượng không chỉ giống với mẫu tượng cổ mà còn đạt đến mức độ cao về sự tinh xảo.
Kiến trúc chùa gỗ Việt cổ toát lên sự thanh tịnh giữa không gian khoáng đạt nơi đỉnh cao Ba Đèo của thành phố Hạ Long, ẩn mình giữa rừng thông vi vút, hướng tầm nhìn ra vịnh biển, Bảo Hải Linh Thông Tự đem đến cho du khách và các Phật tử một nơi tìm đến, chốn trở về, mỗi khi lòng muốn tìm kiếm sự an nhiên, tĩnh tại.