Bộ Giao thông Vận tải thống kê có 2 doanh nghiệp có các dự án có dấu hiệu đầu tư không hiệu quả thuộc về Tổng công ty Công nghiệp tàu thuỷ Việt Nam (SBIC) và Tổng công ty Hàng hải Việt Nam (Vinalines).
Cụ thể, trong 10 năm từ năm 2000-2010, SBIC có khoảng 700 dự án đầu tư, trong đó có 238 dự án đã có quyết định đầu tư từ cấp có thẩm quyền. Hiện nay, SBIC đang thực hiện Đề án tái cơ cấu theo Quyết định số 1224/QĐ-TTG ngày 26/7/2013 của Thủ tướng Chính phủ. Do đó, Bộ Giao thông Vận tải không báo cáo cụ thể về các dự án đầu tư có dấu hiệu không hiệu quả của SBIC theo hướng dẫn của Bộ Kế hoạch và Đầu tư.
Bộ Giao thông Vận tải cũng báo cáo rằng, Vinalines hiện có 3 dự án đầu tư có dấu hiệu không hiệu quả.
Thứ nhất là Dự án Đầu tư xây dựng Cảng trung chuyển quốc tế Vân Phong, có tổng mức đầu tư được duyệt sau cùng là hơn 6.177 tỷ đồng.
Theo thông tin của Báo Đầu tư Online - Baodautu.vn, Dự án Cảng trung chuyển quốc tế Vân Phong được khởi công từ năm 2009, tuy nhiên, sau lễ khởi công và đóng được 114/1.729 cọc sắt (chiếm 6% số cọc) dự án dừng lại. Năm 2012, Chính phủ có quyết định thu hồi dự án và bỏ hoang đến nay.
Dự án đã dừng thực hiện từ năm 2012 và hiện đang làm thủ tục bàn giao cho Cục Hàng hải Việt Nam.
Năm 2016, sau khi dự án Cảng trung chuyển quốc tế Vân Phong bị thu hồi, đã có nhiều đoàn công tác nước ngoài đến Vân Phong khảo sát, tìm kiếm cơ hội đầu tư. Tuy nhiên, đến nay vẫn chưa có dự án nào chính thức. Mới đây, Công ty Cổ phần Cảng Nha Trang đã có văn bản xin phép Bộ Giao thông vận tải được đầu tư dự án Cảng tổng hợp Bắc Vân Phong nhằm đáp ứng nhu cầu vận chuyển hàng hóa trong giai đoạn hiện nay.
Dự án thứ hai là Dự án đầu tư xây dựng cảng Cái Cui (TP.Cần Thơ) có tổng mức phê duyệt sau cùng là hơn 829 tỷ đồng, lợi nhuận đạt thấp hơn rất nhiều so với dự án được phê duyệt.
Và dự án thứ 3 là Dự án đầu tư xây dựng kho bãi container tại Hải Phòng có tổng mức đầu tư phê duyệt sau cùng là gần 353 tỷ đồng, dự án bị thua lỗ ngay từ khi đưa vào khai thác.
Còn Công ty TNHH MTV Sửa chữa tàu biển Vinalines (thuộc Vinalines) hiện đang Dự án Đầu tư xây dựng Nhà máy sửa chữa tàu biển Vinalines phía Nam, có tổng mức đầu tư được duyệt sau cùng là 6.490 tỷ đồng. Dự án bắt đầu thực hiện đầu tư từ 2008, đến hết tháng 4/2017 Vinalines dã hoàn thành công tác thoái vốn và thu về một phần vốn đã đầu tư, tương đương 81,787 tỷ đồng.
Công ty TNHH MTV vận tải Biển Đông (thuộc Vinalines) thì có 2 dự án đóng mới tàu container, tổng mức đầu tư được duyệt sau cùng là hơn 1.140 tỷ đồng. Cả 2 dự án hiện đang lỗ kéo dài từ năm 2009 đến nay, với tổng số lỗ luỹ kế là 1.608 tỷ đồng.
