Theo TTCP, quá trình thực hiện đầu tư, xây dựng Khu đô thị mới Thủ Thiêm, UBND TP HCM (các thời kỳ trước), các sở, ngành liên quan đã có nhiều khuyết điểm, vi phạm trong lập quy hoạch, quản lý sử dụng đất đai...
Cụ thể, về quy hoạch và công tác bồi thường, thu hồi đất, hỗ trợ, bố trí tái định cư đã được kết luận tại Thông báo số 1483/TB-TTCP ngày 04/9/2018 của Thanh tra Chính phủ. Ngoài ra, Thanh tra Chính phủ còn phát hiện một số khuyết điểm, vi phạm sau:
UBND Thành phố ban hành Điều lệ quản lý xây dựng KĐTM Thủ Thiêm chưa đầy đủ, kịp thời; không thực hiện việc lập các dự án theo thứ tự ưu tiên và trình duyệt theo quy định theo ý kiến chỉ đạo của Thủ tướng Chính phủ, chỉ lập, trình, duyệt dự án khi đã có nhà đầu tư tham gia mà không theo thứ tự ưu tiên, dẫn đến, việc đầu tư xây dựng các dự án thiếu đồng bộ, khó quản lý, có nơi buông lỏng quản lý việc đầu tư xây dựng, chậm triển khai đầu tư xây dựng...
Các cơ quan chức năng liên quan của Thành phố đã đề xuất và được Thường trực Thành ủy, UBND Thành phố phê duyệt chi phí đầu tư bình quân cho 1m2 đất thương mại – dịch vụ - nhà ở là 26 triệu đồng/m2, chênh lệch giảm khoảng 50% so với đơn giá đã được các sở, ngành đề xuất ban đầu với lý do loại bớt một số chi phí cho các hạng mục công trình đã được phê duyệt quy hoạch có tổng giá trị là 17.042 tỷ đồng (gồm: Quảng trường trung tâm, công viên bờ sông Sài Gòn, Khu lâm viên sinh thái phía Nam, 06 trường công lập và 05 cây cầu nối từ Trung tâm Thành phố qua KĐTM Thủ Thiêm) là không đầy đủ và không đúng quy định.
Ngoài ra, khi đề xuất phương án giá trên, các sở, ngành và UBND Thành phố đã không tính lãi đối với khoản tiền được tạm ứng từ ngân sách nhà nước, dẫn đến, tổng mức đầu tư đã xác định và phê duyệt là không đúng quy định. Việc UBND Thành phố và các sở, ngành lấy giá 26 triệu đồng/m2 làm giá tối thiểu để xác định giá trị quyền sử dụng đất theo phương pháp thặng dư hoặc tự thỏa thuận khi giao đất cho nhà đầu tư tại các dự án trong KĐTM Thủ Thiêm là không đầy đủ, thiếu chính xác và không đúng quy định.
Toàn bộ quỹ đất trong KĐTM Thủ Thiêm là 221,68 ha được tạo ra bằng nguồn vốn ngân sách nhà nước, nhưng UBND Thành phố đã sử dụng chủ yếu để thanh toán đối ứng cho các dự án BT được chỉ định nhà đầu tư, nhất là các dự án đầu tư hạ tầng kỹ thuật phục vụ cho chính KĐTM Thủ Thiêm, không thông qua hình thức đấu thầu dự án hoặc giao đất có thu tiền sử dụng đất không qua đấu giá quyền sử dụng đất là vi phạm các quy định về đấu thầu và quản lý sử dụng đất đai.
Như vậy, UBND Thành phố đã sử dụng đơn giá bằng chi phí đầu tư bình quân là 26 triệu đồng/m2 không đầy đủ, thiếu chính xác, không đúng quy định làm giá tối thiểu để tính tiền sử dụng đất thanh toán đối ứng cho các dự án BT, nhất là các dự án đầu tư hạ tầng kỹ thuật phục vụ cho chính KĐTM Thủ Thiêm đã được chỉ định nhà đầu tư, hoặc giao đất có thu tiền sử dụng đất không thông qua hình thức đấu giá đất theo quy định. Từ đó, các nhà đầu tư được hưởng lợi do chênh lệch giá đất lớn (chênh lệch địa tô) từ việc được đầu tư hạ tầng kỹ thuật chính theo hình thức hợp đồng BT.
Ngoài ra, UBND Thành phố ký Hợp đồng BT với Công ty cổ phần Đại Quang Minh, trong đó, xác định giá trị quyền sử dụng đất các khu đất đối ứng để thanh toán Hợp đồng BT là 12.490.687 triệu đồng khi chưa có chứng thư thẩm định giá, chưa có quyết định phê duyệt giá trị quyền sử dụng đất của UBND Thành phố là không đúng quy định của Luật Giá năm 2012 và Luật Đất đai năm 2013. Dẫn đến, chênh lệch giảm tiền sử dụng đất 3.901 tỷ đồng so với giá trị đã được UBND Thành phố thẩm định, phê duyệt trước đó, nguy cơ thiệt hại ngân sách Nhà nước.
Mặc dù, việc xác định giá trị quyền sử dụng đất để thanh toán đối ứng cho dự án BT 04 tuyến đường chính chưa đúng quy định, nhưng UBND Thành phố đã tính tiền sử dụng đất nhà đầu tư phải nộp là 4.225.530 triệu đồng, đã nộp 2.376.000 triệu đồng, số còn lại đến nay chưa nộp là 1.800.529 triệu đồng, cần xem xét tính lãi chậm trả và thu hồi về ngân sách nhà nước theo quy định.
Về xử lý trách nhiệm, TTCP chuyển kết luận thanh tra đến Ủy ban Kiểm tra Trung ương để xem xét, xử lý theo thẩm quyền đối với các tổ chức, cá nhân thuộc diện Bộ Chính trị và Ban Bí thư quản lý có liên quan đến khuyết điểm, vi phạm được nêu trong kết luận.
Tổng TTCP cũng kiến nghị Thủ tướng Chính phủ giao UBND TP HCM chỉ đạo kiểm điểm, xử lý trách nhiệm đối với các tổ chức, cá nhân thuộc thẩm quyền như: Ban Quản lý Khu đô thị mới Thủ Thiêm; các sở GTVT, Tài chính, Tài nguyên và Môi trường, Quy hoạch - Kiến trúc, Xây dựng, Kế hoạch và Đầu tư, Viện Nghiên cứu Phát triển thành phố; các đơn vị tư vấn, các nhà đầu tư dự án... đã có khuyết điểm, vi phạm đã nêu trong phần kết quả và kết luận thanh tra.