Việc NHNN kiểm soát đặc biệt một tổ chức tín dụng là biện pháp nghiệp vụ theo quy định của pháp luật nhằm kiểm soát chặt chẽ, hạn chế tác động tiêu cực đến tổ chức tín dụng đó và hệ thống các tổ chức tín dụng.
Theo đó, hoạt động của Ngân hàng Thương mại cổ phần Sài Gòn được thực hiện dưới sự kiểm soát của NHNN. NHNN lựa chọn, chỉ định những cán bộ có kinh nghiệm, năng lực, trình độ chuyên môn từ các ngân hàng thương mại nhà nước (Vietcombank, BIDV, Vietinbank, Agribank) tham gia quản trị, điều hành Ngân hàng Thương mại cổ phần Sài Gòn.
Đồng thời, NHNN sẽ phối hợp với các Bộ, ngành liên quan thực hiện đồng bộ các giải pháp cần thiết để ngân hàng hoạt động an toàn, lành mạnh.
