Bộ Tài chính bỏ đề xuất trao quyền điều tra cho cơ quan thuế, vì cho rằng, vấn đề cốt lõi là nhân sự. Cụ thể, phải tuyển dụng, bổ nhiệm, đào tạo những cán bộ có chuyên môn nghiệp vụ điều tra, am hiểu luật hình sự và tố tụng hình sự để có thể áp dụng trên thực tế, vấn đề này cần phải có thời gian và lộ trình để thực hiện.
Theo Bộ Tài chính, chức năng điều tra, khởi tố nếu được bổ sung cho cơ quan Thuế cần phải có cơ chế quản lý, phối hợp với các cơ quan chức năng có liên quan để thực hiện nhiệm vụ mới này.
Hơn nữa, việc trao quyền điều tra, khởi tố cho cơ quan thuế phải sửa đổi rất nhiều văn bản pháp luật phù hợp và đồng bộ trong hệ thống pháp luật để tránh chồng chéo hoặc tránh việc thoái thác nhiệm vụ giữa các cơ quan chức năng; tránh việc phình to bộ máy hành chính nhưng thiếu tính chuyên nghiệp, thiếu tính hiệu quả. Vấn đề này cũng cần phải có thời gian và lộ trình thực hiện.
Trước đó, trong dự thảo gần nhất được đưa ra công bố hồi đầu tháng 7, phía Bộ Tài chính đã đưa ra nhiều lập luận để bảo vệ quan điểm cơ quan thuế cần thiết được giao quyền điều tra ban đầu.
Trong đó, Bộ Tài chính cho rằng ở nước ta, cơ quan thuế do chưa được giao quyền điều tra các hành vi tội phạm về thuế nên toàn bộ các vụ vi phạm có dấu hiệu hình sự đều chuyển vụ việc sang cơ quan điều tra để điều tra, khởi tố vụ án.
Thế nhưng, theo Bộ này, tỷ lệ các vụ xử lý được còn thấp do hành vi vi phạm pháp luật về thuế phức tạp đa dạng, diễn ra trên phạm vi rộng, có liên quan đến chứng từ, sổ sách, kế toán, thanh toán... Trong khi, cơ quan công an do hạn chế về lực lượng, không chuyên sâu về chuyên môn nghiệp vụ thuế nên quá trình điều tra, trưng cầu giám định thường bị chậm trễ. Điều này dẫn tới việc truy thu tiền thuế trốn, tiền thuế chiếm đoạt không kịp thời, tác dụng răn đe hạn chế.
Vì vậy, Bộ Tài chính đề xuất bổ sung một số thẩm quyền của cơ quan thuế như: Niêm phong hàng hóa, kho, hồ sơ, tài liệu, tạm giữ người, áp giải người vi phạm trong một số trường hợp.
Khi phát hiện có hành vi vi phạm pháp luật về thuế đến mức phải truy cứu trách nhiệm hình sự, cơ quan thuế, công chức thuế có thẩm quyền khởi tố vụ án, khởi tố bị can, thực hiện các hoạt động điều tra theo quy định.
Bộ Tài chính cho biết, đề xuất này nhận được sự nhất trí cao của các cục thuế. Tuy nhiên, các đơn vị này cho rằng, trước mắt tổ chức điều tra thuế chỉ nên thành lập ở cấp Tổng cục Thuế để có thời gian chuẩn bị và hoàn thiện nguồn nhân lực và các điều kiện khác để tiến hành điều tra.
Tuy nhiên, nhiều chuyên gia lại lo ngại về tình trạng vừa đá bóng, vừa thổi còi của cơ quan thuế.