Thay vào đó, tại các đặc khu sẽ tổ chức chính quyền địa phương theo mô hình Trưởng đơn vị hành chính - kinh tế đặc biệt. Trưởng Đơn vị sẽ thực hiện chức năng quản lý nhà nước, quyết định, tổ chức thực hiện toàn bộ các hoạt động hành chính, kinh tế - xã hội trên địa bàn đặc khu. Trưởng Đơn vị có cơ quan chuyên môn và bộ máy giúp việc.
Khi xây dựng Dự thảo Luật Đơn vị hành chính - kinh tế đặc biệt, nhiều ý kiến bày tỏ quan điểm khác nhau về việc quy định đặc khu trực thuộc tỉnh hay Trung ương. Tuy nhiên, Bộ Chính trị đã đồng ý cho thành lập ba đặc khu Vân Đồn, Phú Quốc, Bắc Vân Phong trực thuộc tỉnh và yêu cầu cơ cấu, mô hình tổ chức chính quyền địa phương của các đặc khu sẽ được quy định trong Luật.
Theo lý giải của Bộ Kế hoạch và Đầu tư, để đảm bảo việc xây dựng mô hình tổ chức chính quyền địa phương đồng bộ với các quy định về chính sách kinh tế - xã hội có tính chất đặc biệt, vượt trội, có tính cạnh tranh quốc tế thì phải xây dựng bộ máy chính quyền địa phương ở đặc khu có tính chất đặc thù, đặc biệt theo hướng tinh gọn, thông suốt, hoạt động có hiệu lực, hiệu quả, đề cao vai trò, trách nhiệm của người đứng đầu song vẫn đảm bảo phù hợp quy định của Hiến pháp.
“Qua quá trình lấy ý kiến, đa số ý kiến thống nhất xây dựng mô hình tổ chức chính quyền ở đặc khu theo hướng xác định không có cấp chính quyền địa phương, không tổ chức HĐND và UBND”, Bộ Kế hoạch và Đầu tư cho biết.
Cụ thể, tại các đặc khu, tổ chức chính quyền địa phương được thực hiện theo mô hình Trưởng Đơn vị hành chính - kinh tế đặc biệt. Trong đó, Trưởng khu Hành chính sẽ là người đại diện hành chính cho Trưởng Đơn vị hành chính - kinh tế đặc biệt tại địa bàn khu hành chính.
Theo Dự thảo, Trưởng khu Hành chính thực hiện chức năng quản lý nhà nước về ngành, lĩnh vực tại đặc khu, và thực hiện các nghĩa vụ, quyền hạn theo sự phân quyền, ủy quyền của Trưởng Đơn vị hành chính - kinh tế đặc biệt. Trưởng khu hành chính có công chức chuyên môn giúp việc.
Dự thảo Luật cũng quy định theo hướng giao thẩm quyền tối đa trong các lĩnh vực xây dựng chính quyền, tài chính, ngân sách, đầu tư công và đầu tư kinh doanh, quy hoạch, xây dựng đô thị, thương mại, du lịch… và đối ngoại có liên quan tới 4 cấp cho Trưởng Đơn vị hành chính - kinh tế đặc biệt, bao gồm cấp Trung ương, cấp tỉnh, cấp huyện, cấp xã.
“Phương án tổ chức chính quyền địa phương nêu trên thể hiện sự đột phá về thể chế hành chính và tổ chức chính quyền địa phương; đổi mới căn bản cơ cấu tổ chức, chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và mối quan hệ công tác của chính quyền địa phương các đơn vị hành chính - kinh tế đặc biệt”, Bộ Kế hoạch và Đầu tư nhấn mạnh.
Theo đánh giá của Bộ Kế hoạch và Đầu tư, quy định này phù hợp với thông lệ quốc tế và cũng phù hợp với việc tổ chức chính quyền đơn vị hành chính - kinh tế đặc biệt ở Việt Nam trong điều kiện hiện nay.