Theo báo cáo của Kiểm toán Nhà nước (KTNN), trong kế hoạch phát triển nhà ở đô thị (trong đó có nhà ở xã hội - NƠXH) giai đoạn 2016 - 2020 của UBND tỉnh Khánh Hòa không xác định và tổng hợp đầy đủ nhu cầu nhà ở của các đối tượng theo quy định tại Luật Nhà ở năm 2014. Đến cuối năm 2020, tỉnh Khánh Hòa chỉ mới thực hiện đạt 45% chỉ tiêu kế hoạch diện tích sàn nhà ở xã hội (271.531m2/600.000m2).
Có dự án được bố trí trong quy hoạch nhưng đến thời điểm kiểm toán vẫn chưa được thực hiện như dự án khu đô thị Mipeco Nha Trang (phường Vĩnh Nguyên, TP. Nha Trang). Một số dự án khác bố trí không bố trí đầy đủ như trong đồ án quy hoạch khu đô thị sinh thái bán đảo Thanh Phong (xã Vĩnh Thái, TP. Nha Trang).
Tỉnh Khánh Hòa cũng chưa thực hiện việc hạch toán, theo dõi riêng và quản lý, sử dụng nguồn thu từ khoản nộp bằng tiền tương đương 20% giá trị quỹ đất 20% nhằm bổ sung vào ngân sách địa phương dành để đầu tư NƠXH trên phạm vi địa bàn tỉnh.
UBND tỉnh Khánh Hòa đã tự phê duyệt chương trình nhà ở đô thị mà không trình HĐND tỉnh thông qua trước khi phê duyệt, điều này không đúng với quy định tại khoản 2, Điều 34 Luật Nhà ở năm 2005.
Sở Tài nguyên và Môi trường (TN&MT) Khánh Hòa đã tham mưu cho UBND tỉnh ban hành quyết định giao đất cho nhà đầu tư dự án NƠXH Bình Phú giai đoạn 2 khi chưa có trong kế hoạch sử dụng đất; UBND TP. Nha Trang cũng chưa thực hiện tham mưu cấp có thẩm quyền cập nhật dự án trên vào kế hoạch sử dụng đất hàng năm của thành phố.
KTNN cũng chỉ ra một số chủ đầu tư dự án NƠXH trên địa bàn tỉnh Khánh Hòa xác định chi phí xây dựng, chi phí tư vấn đầu tư xây dựng và các chi phí khác chưa phù hợp. Trong đó, dự án NƠXH VCN Phước Long chưa tính điều chỉnh giảm suất đầu tư/sàn NƠXH tương ứng theo văn bản thẩm định của Sở Xây dựng; dự án chung cư xã hội P.H Nha Trang tính toán chi phí lãi vay chưa phù hợp và chưa có cơ sở xác định giá vật liệu, thiết bị, cũng như chủng loại.
Vì thế, KTNN đã kiến nghị giảm giá trị dự toán, giá trị quyết toán A-B khi quyết toán dự án hoàn thành của 5 dự án NƠXH với tổng số tiền là 32.851.904.606 đồng, trong đó mức giảm dự toán lần lượt là 7.608.356.724 đồng và giảm quyết toán A-B là 25.243.547.882 đồng.
Từ những vi phạm trên, KTNN đã kiến nghị UBND tỉnh Khánh Hòa chấn chỉnh, rút kinh nghiệm trong việc phê duyệt chương trình NƠXH khi chưa thông qua HĐND tỉnh, phê duyệt chấp thuận chủ trương đầu tư dự án NƠXH Hưng Phú 2 không nêu thời hạn hiệu lực quy định và chỉ đạo các chủ đầu tư nhà ở thương mại, dự án đô thị bố trí đầy đủ diện tích NƠXH trong dự án.
KTNN đề nghị tỉnh Khánh Hòa chỉ đạo Sở Xây dựng tỉnh chấn chỉnh rút kinh nghiệm và khắc phục các tồn tại như: Không xây dựng kế hoạch thực hiện chương trình NƠXH hàng năm; không xác định quy hoạch khu vực riêng trong việc lập dự án đầu tư xây dựng NƠXH để cho thuê; tham mưu cho tỉnh phê duyệt dự án nhà ở thương mại, khu đô thị mới nhưng bố trí không đủ 20% diện tích đất để làm NƠXH; không kiểm soát đối tượng mua và thuê NƠXH, chưa làm rõ phương án tính toán lãi vay dự án chung cư xã hội P.H Nha Trang...
Đề nghị UBND tỉnh Khánh Hòa chỉ đạo Sở TN&MT tỉnh và UBND TP. Nha Trang chấn chỉnh, rút kinh nghiệm trong việc giao đất NƠXH Bình Phú giai đoạn 2 cho nhà đầu tư khi chưa phù hợp kế hoạch sử dụng đất.