Ban Bí thư cho rằng với cương vị là Uỷ viên Ban Thường vụ Đảng uỷ Khối Doanh nghiệp Trung ương nhiệm kỳ 2010 - 2015, 2015 - 2020, Bí thư Đảng uỷ, Chủ tịch Hội đồng quản trị Tập đoàn Xăng dầu Việt Nam; Bí thư Đảng uỷ, Chủ tịch Hội đồng quản trị, kiêm Tổng Giám đốc, Tổng Công ty; Phó Bí thư Đảng uỷ, Uỷ viên Hội đồng quản trị, Tổng Giám đốc; Trưởng Bộ phận đại diện phần vốn nhà nước tại Tập đoàn, ông chịu trách nhiệm chính về những vi phạm, khuyết điểm nghiêm trọng của Ban Thường vụ Đảng uỷ Tập đoàn Xăng dầu Việt Nam, của Bộ phận đại diện vốn nhà nước và Hội đồng quản trị Tập đoàn; buông lỏng lãnh đạo, chỉ đạo, thiếu kiểm tra, giám sát, không có biện pháp ngăn chặn kịp thời và xử lý trách nhiệm tập thể, cá nhân liên quan đến sai phạm; trực tiếp ký hầu hết các văn bản liên quan đến vi phạm, khuyết điểm của Ban Thường vụ Đảng uỷ, Hội đồng quản trị Tập đoàn về công tác cán bộ; về bảo toàn, phát triển vốn; về cổ phần hoá, tái cơ cấu vốn và thoái vốn nhà nước; về quản lý, sử dụng đất đai; về đầu tư các dự án.
Vi phạm, khuyết điểm của ông Bùi Ngọc Bảo là rất nghiêm trọng; cùng với vi phạm, khuyết điểm của Ban Thường vụ Đảng uỷ Tập đoàn và một số cá nhân khác đã gây thiệt hại lớn tiền của Nhà nước, giảm hiệu quả kinh doanh của Tập đoàn, ảnh hưởng xấu đến uy tín của tổ chức đảng và Tập đoàn Xăng dầu Việt Nam cần được xử lý kỷ luật nghiêm minh theo quy định.
Xét nội dung, tính chất, mức độ, nguyên nhân, hậu quả của vi phạm và quá trình công tác, đóng góp cho sự phát triển của Tập đoàn Xăng dầu Việt Nam, Ban Bí thư quyết định thi hành kỷ luật ông Bùi Ngọc Bảo bằng hình thức Cách chức tất cả các chức vụ trong Đảng.
Trước đó, tại kỳ họp thứ 39 diễn ra từ ngày 25 đến 27-9-2019, tại Hà Nội, khi kiểm tra dấu hiệu vi phạm đối với Ban Thường vụ Đảng ủy Tập đoàn Xăng dầu Việt Nam, Ủy ban Kiểm tra Trung ương cho rằng Ban Thường vụ Đảng ủy Tập đoàn Xăng dầu Việt Nam ( Petrolimex ) đã thiếu trách nhiệm, buông lỏng lãnh đạo, chỉ đạo, thiếu kiểm tra, giám sát, để Tập đoàn có nhiều vi phạm quy định của Đảng, pháp luật của Nhà nước trong công tác cán bộ; trong quản lý, sử dụng, bảo toàn và phát triển vốn, tài sản; hoạt động kinh doanh xăng dầu; cổ phần hóa, tái cơ cấu, thoái vốn nhà nước và thực hiện một số dự án đầu tư xây dựng, gây hậu quả nghiêm trọng, thiệt hại lớn tiền và tài sản của Nhà nước.
Theo Ủy ban Kiểm tra Trung ương, ông Bùi Ngọc Bảo, nguyên Ủy viên Ban Thường vụ Đảng ủy Khối Doanh nghiệp Trung ương, nguyên Bí thư Đảng ủy, nguyên Chủ tịch Hội đồng quản trị, nguyên Tổng giám đốc chịu trách nhiệm chính về những vi phạm, khuyết điểm của Ban Thường vụ Đảng ủy Tập đoàn; các ông Trần Văn Thịnh, nguyên Phó Bí thư Đảng ủy, nguyên Ủy viên Hội đồng quản trị, nguyên Tổng giám đốc, Trần Minh Hải, Phó Bí thư Thường trực Đảng ủy, Nguyễn Thanh Sơn, Ủy viên Ban Thường vụ Đảng ủy, Ủy viên Hội đồng quản trị, Nguyễn Quang Tuấn, nguyên Đảng ủy viên, nguyên Bí thư Chi bộ, nguyên Chủ tịch kiêm Giám đốc Công ty Petrolimex Singapore cùng chịu trách nhiệm về những vi phạm, khuyết điểm của Ban Thường vụ Đảng ủy Tập đoàn và trách nhiệm cá nhân trong thực hiện chức trách, nhiệm vụ được phân công.
Ủy ban Kiểm tra Trung ương cho rằng vi phạm của Ban Thường vụ Đảng ủy Tập đoàn Xăng dầu Việt Nam và các cá nhân nêu trên đã ảnh hưởng xấu đến uy tín của tổ chức đảng và Tập đoàn Xăng dầu Việt Nam, đến mức phải xem xét kỷ luật.
Tại kỳ họp 40 của Ủy ban Kiểm tra Trung ương diễn ra từ ngày 28 đến 30-10 ở Hà Nội, Ủy ban Kiểm tra Trung ương đã xem xét, kết luận việc thi hành kỷ luật Ban Thường vụ Đảng ủy Tập đoàn Xăng dầu Việt Nam; đề nghị Ban Bí thư xem xét, thi hành kỷ luật ông Bùi Ngọc Bảo, nguyên Chủ tịch Tập đoàn.