Theo Tổng Cục thuế, 1.870 tỷ đồng bị từ chối hoàn thuế nêu trên nằm trong 1,7% tổng số thuế đề nghị hoàn.
Cũng trong thời gian này, ngành thuế thực hiện được 4.646 cuộc thanh tra, kiểm tra sau hoàn. Tổng số thuế truy hoàn và phạt là 414,39 tỷ đồng, trong đó, số thuế truy hoàn là 321,92 tỷ đồng, phạt là 92,47 tỷ đồng.
Bên cạnh từ chối hoàn thuế và truy hoàn thuế, Tổng Cục thuế cũng phát hiện nhiều trường hợp doanh nghiệp linh kiện điện tử nâng khống giá trị lô hàng xuất khẩu, "có trường hợp khai báo giá trị rất cao, trên 50 lần, so với giá nhập khẩu. Đồng thời nguồn gốc hàng hóa không rõ ràng", Tổng cục Thuế nêu rõ thực tế.
Tuy nhiên, khi cơ quan thuế Việt Nam thực hiện xác minh hóa đơn với cơ quan thuế nước ngoài theo Hiệp định tránh đánh thuế hai lần, thì cần xác minh thông tin từ cơ quan thuế nước ngoài. Tuy nhiên, các thông tin cá nhân nộp thuế ở nước ngoài này đều là thông tin "ma", không có thông tin người nộp thuế, không liên lạc được và không tìm thấy địa chỉ trụ sở của các cá nhân và doanh nghiệp mua hàng nhập khẩu...
Doanh nghiệp sử dụng hóa đơn bất hợp pháp, kê khai khấu trừ thuế VAT đầu vào để lập hồ sơ xin hoàn thuế VAT là thủ đoạn được ngành thuế nhận diện và đấu tranh quyết liệt trong thời gian vừa qua.
Tổng cục Thuế cho biết gian lận hoàn thuế chủ yếu xảy ra tại khâu trung gian (F1, F2) mua bán hàng hóa.
Cụ thể, các doanh nghiệp trong khâu trung gian sau khi xuất hóa đơn cho doanh nghiệp mua (F1) thì tạm dừng kinh doanh hoặc bỏ trốn. Việc kê khai doanh thu và thuế giữa các doanh nghiệp trung gian không khớp đúng.
Đáng nói, doanh nghiệp bán (F2) kê khai doanh thu nhỏ nhưng doanh nghiệp mua (F1) kê khai khấu trừ lớn.
Bên cạnh đó, Tổng cục Thuế phát hiện doanh nghiệp hoàn thuế VAT sử dụng hóa đơn bất hợp pháp.