Đây là 2 trong số 12 dự án nhà máy thu lỗ nghìn tỷ của ngành công thương và là 2 trong 5 dự án thuộc PVN cần xử lý (3 dự án còn lại gồm: Nhà máy Ethanol Bình Phước, Nhà máy sản xuất nhiên liệu sinh học Dung Quất, Công ty cổ phần Hóa dầu và xơ sợi Dầu khí)
Tuy nhiên, nếu Nhà máy Ethanol Phú Thọ là “con đẻ” của PVN, thì Nhà máy đóng tàu Dung Quất là dự án PVN tiếp nhận lại từ Vinashin (nay là SBIC).
Sau khi tiếp nhận lại Nhà máy đóng tàu Dung Quất, PVN đã “bơm” hàng nghìn tỷ đồng để cứu dự án, dù vậy, đến thời điểm hiện tại, PVN vẫn phải đề xuất cho dự án này mở thủ tục phá sản.
Cũng trong dự án trên, riêng việc quyết toán con tàu 104.000 tấn, Bộ Công Thương chỉ đạo Vụ Tài chính có văn bản gửi Thủ tướng, đề nghị Kiểm toán Nhà nước vào cuộc để định giá con tàu.
Ba dự án thua lỗ hiện đang đắp chiếu còn lại, lãnh đạo Bộ Công Thương nêu quan điểm khởi động lại sản xuất. Cụ thể, với dự án Nhà máy Ethanol Dung Quất sẽ được khởi động lại, sau đó thoái hoặc chuyển nhượng vốn. Đây là một trong hai dự án khiến PVN phải gánh thua lỗ lớn nhất.