Lý giải cho khẳng định này, ông Chung cho rằng Thanh tra Chính phủ (TTCP) đưa ra con số này do cách tính và quan điểm của TTCP khác với các bộ.
UBND TP Hà Nội có thành lập Hội đồng định giá đất do một phó chủ tịch thành phố làm trưởng ban trước khi xác định giá đất. Quan điểm của thành phố là thực hiện đúng theo hướng dẫn tại thông tư liên tịch của Bộ Tài chính, Bộ Xây dựng và Bộ KH&ĐT.
Bên cạnh đó, Hà Nội cũng có văn bản số 4470 ngày 8/4/2014 báo cáo Bộ Tài chính và văn bản xin ý kiến Thủ tướng Chính phủ. Thủ tướng Chính phủ cũng đã cho phép tính chi phí dự phòng và chi phí lãi vay; phát triển giá đất tính thu tiền sử dụng đất của dự án theo phương pháp thặng dư.
Theo cách tính của UBND TP Hà Nội, trong số tiền hơn 3.900 tỷ đồng có 403 tỷ đồng là tiền tạm tính tiền sử dụng đất cho các chủ đầu tư chuyển đổi mục đích sử dụng đất. 89,9 tỷ đồng là tạm tính số tiền sử dụng đất bổ sung với tầng hầm, tầng kỹ thuật do chủ đầu tư sử dụng vào mục đích kinh doanh.
1.462 tỷ đồng là tiền sử dụng đất, thuê đất do các chủ đầu tư của một số dự án còn nợ đọng. 49,317 tỷ đồng là tạm tính thuế thu nhập doanh nghiệp từ chuyển nhượng, góp vốn nhà đầu tư từ một số dự án chưa thực hiện. Ngoài ra, còn 1.480 tỷ đồng là tạm tính tiền sử dụng đất phải nộp bổ sung do UBND thành phố khi tính toán đã đưa một số khoản chi phí vào xác định không đúng quy định.
Chủ tịch Nguyễn Đức Chung khẳng định rằng UBND TP Hà Nội đã thực hiện đúng chỉ đạo của Chính phủ nhưng TTCP lại không thừa nhận cách tính này. Cũng theo ông Chung, trong việc thực hiện việc tính tiền sử dụng đất, đã có sự khác nhau về quan điểm giữa TTCP và các bộ.
Ông Chung còn nhấn mạnh không có việc thất thoát số tiền 3.900 tỷ đồng.
Đối với số tiền 1.400 tỷ đồng mà TTCP kết luận là tiền chậm nộp thuế, ông Chung cho hay, trước khi kết luận thanh tra được ban hành, các chủ đầu tư các dự án đã nộp hơn 900 tỷ đồng và hiện chỉ còn gần 400 tỷ đồng chậm.
TP Hà Nội sẽ tiếp tục đốc thúc các doanh nghiệp nộp số tiền thuế còn nợ. Doanh nghiệp nào cố tình không nộp hoặc có sai phạm trong những dự án trên sẽ không được cấp phép xây dựng.
Theo kết luận số 1468/KL-TTCP ký ngày 4/9/2018 của TTCP đã chỉ ra nhiều sai phạm, thiếu sót tại 38 dự án chuyển đổi, chuyển nhượng nhà đất của cơ quan nhà nước, doanh nghiệp nhà đất có vị “vàng” sang mục đích khác tại Hà Nội (giai đoạn 2003-2016).
TTCP nhận định tổng số tiền sai phạm được phát hiện là hơn 3.974 tỷ đồng, trong đó có 1.480,302 tỷ đồng, tạm tính tiền sử dụng đất của một số dự án phải nộp bổ sung, do UBND TP.Hà Nội khi tính tiền sử dụng đất đã đưa một số khoản chi phí vào xác định không đúng quy định.
Tại dự án Dự án Trung tâm thương mại, căn hộ để bán và cho thuê tại 302 Cầu Giấy, chủ đầu tư đã chuyển một phần diện tích từ đất thuê trả tiền hằng năm sang hình thức giao đất có thu sử dụng đất khi chưa được cơ quan nhà nước có thẩm quyền cho phép gây thất thoát tạm tính hơn 403 tỷ đồng.
Tại thời điểm thanh tra có 8 dự án còn nợ đọng tiền sử dụng đất, tiền thuê đất và tiền chậm nộp với tổng số tiền hơn 1.951 tỷ đồng. Từ phát hiện của Đoàn thanh tra, một số chủ đầu tư đã nộp hơn 1.106 tỷ đồng và số tiền còn nợ đọng là hơn 844 tỷ đồng.
