Bộ Nông nghiệp và Phát triển Nông thôn cho rằng để cải thiện môi trường kinh doanh, nâng cao năng lực cạnh tranh, tinh thần Nghị quyết số 19-2006/NQ-CP ngày 28/4/2016 của Chính phủ và phù hợp với Nghị định số 187/2013/NĐ-CP ngày 20/11/2013 của Chính phủ quy định chi tiết thi hành Luật Thương mại về hoạt động mua bán hàng hoá quốc tế và các hoạt động đại lý mua, bán, gia công và quá cảnh hàng hoá với nước ngoài.
Do vậy, Bộ Nông nghiệp đồng ý với đề xuất của Bộ Công Thương về việc bãi bỏ chế độ cấp Giấy phép nhập khẩu tự động và không quy định cửa nhập khẩu đối với mặt hàng phân bón Ure, Phân khoáng hoặc phân hoá học có chứa ba nguyên tố cấu thành nitơ, phospho và kali (phương án 2).
Trước đó, ngày 15/10/2014, Bộ Công Thương ban hành Thông tư số 35/2014/TT-BCT quy định việc áp dụng chế độ cấp Giấy phép nhập khẩu tự động đối với một số mặt hàng phân bón.
Thông tư này quy định việc áp dụng chế độ cấp Giấy phép nhập khẩu tự động đối với một số mặt hàng phân bón thuộc Danh mục quy định. Phân bón tạm nhập tái xuất, tạm xuất tái nhập, chuyển khẩu, quá cảnh; Phân bón nhập khẩu để khảo nghiệm, làm hàng mẫu, nghiên cứu khoa học là những trường hợp không thuộc phạm vi điều chỉnh của Thông tư này.
Theo Thông tư, trình tự, thủ tục cấp Giấy phép nhập khẩu tự động phải tuân thủ các nội dung như: Thương nhân gửi 01 bộ hồ sơ đăng ký cấp Giấy phép nhập khẩu tự động tới địa chỉ Cơ quan cấp phép theo đường bưu điện. Ngày tiếp nhận hồ sơ được tính theo ngày ghi trên dấu công văn đến. Thời hạn cấp giấy phép nhập khẩu tự động là 07 ngày làm việc, kể từ ngày nhận đủ hồ sơ hợp lệ, Cơ quan cấp phép xem xét, cấp Giấy phép nhập khẩu tự động cho thương nhân; trường hợp không cấp phải trả lời bằng văn bản nêu rõ lý do. Trường hợp hồ sơ chưa đầy đủ, hợp lệ, trong thời hạn 03 ngày làm việc kể từ ngày nhận được hồ sơ, Cơ quan cấp phép có văn bản yêu cầu thương nhân bổ sung, hoàn chỉnh hồ sơ. Giấy phép nhập khẩu tự động được gửi cho thương nhân theo đường bưu điện theo địa chỉ ghi trên Đơn đăng ký.
Bên cạnh đó, khi làm thủ tục nhập khẩu, thương nhân phải nộp cho Cơ quan hải quan Giấy phép nhập khẩu tự động đã được cấp cùng với bộ hồ sơ nhập khẩu theo quy định hiện hành và phải có trách nhiệm thực hiện đầy đủ các quy định về hàng hóa nhập khẩu thuộc diện quản lý chuyên ngành. Phân bón thuộc Danh mục quy định tại Phụ lục I Thông tư này chỉ được nhập khẩu qua cửa khẩu quốc tế và cửa khẩu chính. Trường hợp đặc biệt, việc nhập khẩu phân bón thuộc Danh mục quy định tại Phụ lục I Thông tư này qua cửa khẩu phụ, lối mở phải có văn bản cho phép của Bộ Công Thương.
