Lý do Ban Thường vụ Thành ủy TPHCM quyết định đình chỉ sinh hoạt cấp ủy đối với ông Diệp Dũng và đình chỉ các vai trò Ban Chấp hành, Ban Thường vụ và Bí thư Đảng ủy của ông Diệp Dũng tại Đảng bộ Liên hiệp Hợp tác xã Thương mại TPHCM, theo kết luận thanh tra việc chấp hành pháp luật tại Saigon Co.op do Thanh tra TPHCM công bố chiều 27/7, có dấu hiệu thực hiện hành vi huy động góp vốn trái pháp luật và thâu tóm tại Saigon Co.op.
Bên cạnh đó, để quá trình thanh tra được chính xác, chặt chẽ, khách quan, đúng pháp luật, Thanh tra TPHCM có văn bản đề nghị Chủ tịch HĐQT Saigon Co.op tạm đình chỉ việc tiến hành Đại hội thành viên cho đến khi có kết luận chính thức và ý kiến chỉ đạo từ cấp có thẩm quyền nhưng Saigon Co.op không chấp hành, vẫn tiến hành Đại hội.
Trong Đại hội có nhiều nội dung được thông qua ngoài chương trình dự kiến, trong đó có vấn đề về vốn, bãi nhiệm ủy viên Hội động Quản trị và và đề nghị cách chức Tổng Giám đốc vì lý do được đưa ra là Tổng Giám đốc đã không thực hiện Nghị quyết của Đại hội thành viên về việc huy động vốn nêu trên.
Ủy ban Kiểm tra Thành ủy xác định ông Diệp Dũng đã tổ chức chỉ đạo huy động tăng vốn trái pháp luật; Tổ chức Đại hội Thường niên trái pháp luật; Thực hiện công tác cán bộ trái quy định của Đảng và không trung thực với tổ chức khi có yêu cầu báo cáo.
Ông Diệp Dũng được Thành ủy chỉ định tham gia Ban chấp hành Đảng bộ, Ban Thường vụ Đảng ủy, giữ chức Bí thư Đảng ủy Saigon Co.op nhiệm kỳ 2015-2020 và giới thiệu bầu giữ chức Chủ tịch Hội đồng Quản trị Saigon Co.op từ cuối tháng 8/2015.