Chính phủ vừa ban hành Nghị định số 359/2025/NĐ-CP sửa đổi, bổ sung một số điều của Nghị định số 181/2025/NĐ-CP quy định chi tiết thi hành Luật thuế GTGT. Nghị định có hiệu lực từ ngày 1/1/2026, với nhiều điều chỉnh quan trọng liên quan trực tiếp đến lĩnh vực nông, lâm, thủy sản – khu vực đang đóng vai trò trụ cột của nền kinh tế.
Một trong những điểm mới đáng chú ý nhất là việc làm rõ cơ chế thuế GTGT đối với hoạt động kinh doanh thương mại giữa các doanh nghiệp đối với sản phẩm nông, lâm, thủy sản chưa qua chế biến hoặc chỉ sơ chế ở mức thông thường. Theo đó, doanh nghiệp, hợp tác xã và liên hiệp hợp tác xã khi mua các sản phẩm này và bán lại cho doanh nghiệp, hợp tác xã khác sẽ không phải kê khai, tính nộp thuế GTGT.
Đáng chú ý, dù không phát sinh nghĩa vụ kê khai, nộp thuế GTGT đầu ra, các tổ chức kinh tế vẫn được khấu trừ thuế GTGT đầu vào theo quy định. Đây được xem là điểm tháo gỡ căn bản những vướng mắc kéo dài nhiều năm qua trong thực tiễn, khi doanh nghiệp rơi vào tình trạng không được hoàn thuế, gặp khó trong hạch toán chi phí và bị “kẹt” dòng tiền.
Theo Bộ Tài chính, quy định mới giúp bảo đảm tính liên thông, nhất quán của cơ chế khấu trừ thuế GTGT, đồng thời giảm đáng kể thủ tục hành chính và chi phí tuân thủ cho doanh nghiệp tham gia chuỗi sản xuất, thu mua và phân phối nông sản.
Bên cạnh trường hợp không phải kê khai, tính nộp thuế, Nghị định số 359/2025/NĐ-CP cũng quy định cụ thể việc áp dụng thuế GTGT trong từng tình huống nhằm thống nhất thực hiện. Theo đó, doanh nghiệp, hợp tác xã nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ, khi bán nông, lâm, thủy sản chưa chế biến hoặc chỉ qua sơ chế thông thường cho các doanh nghiệp, hợp tác xã khác ở khâu kinh doanh thương mại thì không phải kê khai, tính nộp thuế GTGT.
Tuy nhiên, nếu các doanh nghiệp này bán sản phẩm cho hộ, cá nhân sản xuất, kinh doanh hoặc các tổ chức, cá nhân khác, thì vẫn phải tính thuế GTGT theo mức thuế suất 5% theo quy định. Việc phân định rõ đối tượng mua – bán được đánh giá là giúp hạn chế áp dụng sai chính sách, giảm rủi ro pháp lý cho người nộp thuế.
Đối với hộ, cá nhân sản xuất kinh doanh, doanh nghiệp và các tổ chức kinh tế khác nộp thuế GTGT theo phương pháp trực tiếp, khi bán nông, lâm, thủy sản chưa chế biến hoặc chỉ qua sơ chế thông thường ở khâu kinh doanh thương mại, thuế GTGT phải nộp tiếp tục được xác định bằng 1% doanh thu, phù hợp với đặc thù của nhóm đối tượng này.
Một nội dung khác nhận được sự quan tâm lớn của cộng đồng doanh nghiệp là việc Nghị định số 359/2025/NĐ-CP bãi bỏ một số quy định liên quan đến điều kiện hoàn thuế GTGT vốn được xem là “điểm nghẽn” trong thời gian qua. Cụ thể, nghị định bãi bỏ yêu cầu người bán phải kê khai, nộp thuế GTGT thì người mua mới đủ điều kiện được hoàn thuế.
Theo quy định chuyển tiếp, đối với các hồ sơ hoàn thuế đã được cơ quan thuế tiếp nhận trước ngày 1/1/2026 nhưng chưa ban hành quyết định hoàn thuế hoặc quyết định hoàn thuế kiêm bù trừ thu ngân sách nhà nước, cơ sở kinh doanh không còn phải đáp ứng điều kiện người bán đã kê khai, nộp thuế GTGT đối với các hóa đơn liên quan. Quy định này được đánh giá là giải quyết căn bản những vướng mắc tồn tại trong thực tiễn hoàn thuế, đặc biệt với các doanh nghiệp xuất khẩu nông sản.
Bộ Tài chính cho biết, việc sửa đổi, bổ sung các quy định tại Nghị định số 181/2025/NĐ-CP nhằm bảo đảm phù hợp với Luật thuế GTGT số 48/2024/QH15 và Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật thuế GTGT; đồng thời làm rõ ranh giới giữa đối tượng không chịu thuế, đối tượng chịu thuế suất 5%, đối tượng không phải kê khai, tính nộp thuế và đối tượng áp dụng phương pháp tính trực tiếp. Qua đó, chính sách thuế GTGT được kỳ vọng sẽ minh bạch hơn, ổn định hơn và thực sự trở thành động lực thúc đẩy ngành nông sản phát triển bền vững từ năm 2026.
