Các phí được đề nghị xem xét bãi bỏ tiêu biểu như: Phí công bố nội dung đăng ký doanh nghiệp; phí cung cấp thông tin giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp; giấy chứng nhận hoạt động chi nhánh, văn phòng đại diện, địa điểm kinh doanh quy định tại Thông tư số 215 năm 2016 của Bộ Tài chính. Theo quy định tại văn bản này, chi phí công bố nội dung đăng ký doanh nghiệp (300.000 đồng/doanh nghiệp) là mức thu quá cao.
Nghiên cứu, bãi bỏ, đơn giản hóa những thủ tục liên quan đến đăng ký doanh nghiệp tại Nghị định số 78/2015/NĐ-CP quy định về đăng ký doanh nghiệp; thủ tục liên quan đến việc đổi giấy phép kinh doanh, bỏ yêu cầu về mã số hải quan HS trong giấy phép đối với doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài; nghiên cứu, bãi bỏ thủ tục chấp thuận dự án đầu tư xây dựng nhà ở theo luật Nhà ở, thống nhất áp dụng việc xin chấp thuận chủ trương đầu tư, việc điều chỉnh dự án theo luật Đầu tư; gộp thủ tục cấp giấy phép quy hoạch với thủ tục quyết định chủ trương đầu tư theo luật Đầu tư; đơn giản hóa tối đa các yêu cầu về cung cấp trong quá trình phê duyệt dự án, thẩm định thiết kế.
Bên cạnh đó, Hội đồng Tư vấn cải cách thủ tục hành chính và Tổ công tác của Thủ tướng cũng kiến nghị giảm một số phí. Ví dụ, phí thẩm định xác nhận nguồn gốc nguyên liệu thủy sản quy định tại Thông tư số 230 năm 2016 của Bộ Tài chính. Theo đó, mức phí này là 700.000 đồng/lần thẩm định.
Trên cơ sở tính toán của Hiệp hội Chế biến xuất khẩu thủy sản, một công ty chế biến cá ngừ cỡ vừa, trong năm 2016, thực tế cần tới 1.200 bộ xác nhận nguồn gốc nguyên liệu thủy sản khai thác thì phải chi trả tới 840 triệu đồng; đối với doanh nghiệp sản xuất quy mô nhỏ cũng phải chi trả đến 154 triệu đồng/năm cho 220 bộ giấy xác nhận nguyên liệu thủy sản khai thác chỉ cho riêng thị trường EU. Hiện nay, Bộ Tài chính đề xuất giảm xuống còn 630.000 đồng/lần thẩm định, tuy nhiên, mức phí này vẫn còn cao.
Một loại phí cần giảm nữa là phí thẩm định xác nhận nội dung thông tin, quảng cáo thuốc, mỹ phẩm quy định tại Thông tư số 227 năm 2016 của Bộ Tài chính. Theo đó, mức phí này là 1,8 triệu đồng/hồ sơ. Cùng với đó, theo quy định hiện hành, phí thẩm định cấp, cấp gia hạn giấy chứng nhận đủ điều kiện hoạt động huấn luyện an toàn, vệ sinh lao động do Bộ LĐ-TB-XH thực hiện là 21,5 triệu đồng/lần trong khi do Sở LĐ-TB-XH thực hiện là 1,3 triệu đồng/lần. Như vậy, sự chênh lệch giữa cấp bộ và cấp tỉnh lên tới 16,5 lần nên Tổ công tác và hội đồng cũng kiến nghị điều chỉnh.
