Theo Uỷ ban kiểm tra Trung ương (UBKTTƯ), trong thời gian giữ cương vị Phó Thủ tướng Chính phủ, đồng chí Vũ Văn Ninh có vi phạm, khuyết điểm trong việc quyết định chủ trương thực hiện cổ phần hóa, thoái vốn nhà nước tại các cảng Quy Nhơn, Quảng Ninh trái với kết luận của Bộ Chính trị.
Trong thời gian giữ cương vị Bí thư Ban cán sự đảng, Bộ trưởng Bộ Tài chính kiêm nhiệm Chủ tịch Hội đồng quản lý Bảo hiểm xã hội Việt Nam, đồng chí Vũ Văn Ninh đã thiếu trách nhiệm trong lãnh đạo, chỉ đạo, kiểm tra, giám sát, để xảy ra vụ việc gây thiệt hại lớn tiền của Nhà nước, nhiều cán bộ, đảng viên liên quan bị xử lý hình sự trong vụ án kinh tế Bảo hiểm xã hội Việt Nam cho Công ty Cho thuê tài chính II (ALC II) vay tiền.
Vi phạm của đồng chí Vũ Văn Ninh là nghiêm trọng, ảnh hưởng đến uy tín của tổ chức đảng và cá nhân đồng chí. Căn cứ quy định của Đảng về xử lý kỷ luật đảng viên vi phạm, UBKT Trung ương đề nghị Bộ Chính trị xem xét, thi hành kỷ luật đối với đồng chí Vũ Văn Ninh.
Ngoài ra, UBKTTƯ còn đề nghị Ban Bí thư xem xét, thi hành kỷ luật Ban cán sự đảng Bộ GTVT nhiệm kỳ 2011 – 2016 và đồng chí Nguyễn Hồng Trường, nguyên Ủy viên Ban cán sự đảng, nguyên Thứ trưởng Bộ GTVT liên quan đến các vi phạm, khuyết điểm đã được kết luận tại kỳ họp 35 của UBKT Trung ương
Xét nội dung, tính chất, mức độ, hậu quả vi phạm; căn cứ quy định của Đảng về xử lý kỷ luật đảng viên, UBKT Trung ương quyết định thi hành kỷ luật bằng hình thức cảnh cáo các đồng chí: Nguyễn Văn Công, Ủy viên Ban cán sự đảng, Thứ trưởng Bộ GTVT, Phạm Viết Muôn, nguyên Phó Chủ nhiệm Văn phòng Chính phủ, Trần Ngọc Thành, nguyên Ủy viên Ban Chấp hành Đảng bộ Khối Doanh nghiệp Trung ương, nguyên Bí thư Đảng ủy, nguyên Chủ tịch Hội đồng thành viên Tổng Công ty Đường sắt Việt Nam; thi hành kỷ luật bằng hình thức khiển trách hai đồng chí Ủy viên Ban cán sự đảng, Thứ trưởng Bộ GTVT Nguyễn Ngọc Đông, Nguyễn Nhật và đồng chí Nguyễn Ngọc Huệ, nguyên Bí thư Đảng ủy, nguyên Chủ tịch Hội đồng thành viên Tổng Công ty Hàng hải Việt Nam.
>> Nguyên Phó Thủ tướng Vũ Văn Ninh bị xem xét kỷ luật vì vi phạm liên quan đến cổ phần hoá