Tại Nghị quyết phiên họp Chính phủ thường kỳ tháng 11/2016, Chính phủ thống nhất nguyên tắc xây dựng mô hình 3 đơn vị hành chính - kinh tế đặc biệt Vân Đồn, Bắc Vân Phong và Phú Quốc.
Cụ thể, về Đề án xây dựng đặc khu kinh tế, Chính phủ thống nhất nguyên tắc xây dựng mô hình 3 đơn vị hành chính - kinh tế đặc biệt Vân Đồn, Bắc Vân Phong và Phú Quốc thuộc tỉnh theo định hướng mỗi đơn vị hành chính - kinh tế đặc biệt lựa chọn phát triển thế mạnh riêng có, nhằm khai thác tối đa tiềm năng, lợi thế so sánh của mỗi đơn vị, tạo động lực phát triển mới, bảo đảm phân bổ nguồn lực theo vùng, tạo hiệu ứng lan tỏa trên phạm vi cả nước.
Chính phủ giao Ủy ban nhân dân các tỉnh Quảng Ninh, Khánh Hòa, Kiên Giang chủ trì, phối hợp với Bộ Kế hoạch và Đầu tư và các bộ, cơ quan liên quan hoàn thiện các Đề án đơn vị hành chính - kinh tế đặc biệt; đề xuất cấp có thẩm quyền các cơ chế, chính sách đặc thù để xây dựng các dự án Luật đơn vị hành chính - kinh tế đặc biệt cho từng đơn vị.
Bộ Kế hoạch và Đầu tư chủ trì, phối hợp với các bộ, cơ quan, địa phương liên quan khẩn trương tiếp thu ý kiến Chính phủ, hoàn thiện báo cáo về các Đề án, trong đó cập nhật, phân tích, đánh giá tổng thể kinh nghiệm quốc tế về lĩnh vực này; đề xuất các nhóm cơ chế, chính sách kinh tế ưu đãi đặc thù áp dụng cho các đơn vị hành chính - kinh tế đặc biệt. Ban cán sự đảng Bộ Kế hoạch và Đầu tư báo cáo Ban cán sự đảng Chính phủ cho ý kiến trước khi báo cáo Bộ Chính trị theo quy định.
Trên cơ sở đề xuất cơ chế, chính sách đặc thù của các tỉnh, ý kiến kết luận của Bộ Chính trị, giao Bộ Kế hoạch và Đầu tư chủ trì, phối hợp với Bộ Nội vụ và Ủy ban nhân dân các tỉnh và các bộ, cơ quan liên quan lập đề nghị xây dựng các dự án Luật đơn vị hành chính - kinh tế đặc biệt: Vân Đồn; Bắc Vân Phong; Phú Quốc, báo cáo Chính phủ cho ý kiến để trình Quốc hội.