Ngoài phương án giảm 30% thuế thu nhập doanh nghiệp năm 2020 cho doanh nghiệp siêu nhỏ và nhỏ, Bộ Tài chính còn thiết kế thêm phương án giảm 50% thuế TNDN để Quốc hội lựa chọn.
Theo Bộ Tài chính, phương án này giúp số lượng doanh nghiệp được hưởng ưu đãi nhiều hơn, đáp ứng được yêu cầu hỗ trợ doanh nghiệp vượt qua khó khăn do hậu quả của đại dịch Covid-19.
Tuy nhiên, việc sử dụng tiêu chí vốn kết hợp với tiêu chí lao động và có sự phân biệt theo ngành, lĩnh vực làm cơ sở xác định đối tượng doanh nghiệp được hưởng ưu đãi, theo Bộ Tài chính là nảy sinh bất cập khi đặt trong xu thế doanh nghiệp kinh doanh đa ngành, đa lĩnh vực như hiện nay.
Việc sử dụng tiêu chí vốn là tổng vốn ghi trên Bảng tổng kết tài sản (bao gồm cả vốn chủ sở hữu và vốn vay) nên không phản ánh đúng quy mô và hoạt động của doanh nghiệp vì vốn đăng ký kinh doanh của doanh nghiệp có sự sai khác rất lớn so với số vốn doanh nghiệp đầu tư vào hoạt động sản xuất, kinh doanh và trên thực tế không có ý nghĩa trong công tác quản lý nhà nước đối với doanh nghiệp.
Việc sử dụng tiêu chí phân loại theo từng lĩnh vực, ngành nghề để xác định doanh nghiệp được giảm thuế cũng tạo khó khăn cho cả việc thực hiện của doanh nghiệp và cả công tác quản lý của cơ quan thuế.
Còn nếu giảm 50% số thuế thu nhập phải nộp năm 2020 cho doanh nhỏ và siêu nhỏ và áp dụng tiêu chí doanh nghiệp như Luật Hỗ trợ doanh nghiệp nhỏ và vừa và Nghị định 39/2018/NĐ-CP thì tác động tích cực đến doanh nghiệp còn lớn hơn, tuy nhiên ngân sách nhà nước năm 2020 bị giảm thu 26.400 tỷ đồng, nhưng tạo điều kiện cho doanh nghiệp nhỏ và siêu nhỏ tích tụ vốn để duy trì hoạt động.
Mặc dù phương án 2 ngoài việc giảm thu ngân sách nhà nước lớn hơn, nhưng tác động tích cực đến doanh nghiệp cũng lớn hơn phương án một, nhưng Bộ Tài chính vẫn mong muốn Quốc hội đồng ý với phương án một vì lo ngại việc giảm thuế tới 50% và đối tượng được giảm thuế rộng có thể sẽ gây ra tình trạng lợi dụng chính sách để tránh thuế bằng cách giữ các tiêu chí để được xác định là doanh nghiệp nhỏ, siêu nhỏ nhằm hưởng ưu đãi về thuế.
Phương án giảm 30% thuế TNDN cho doanh nghiệp có một số hạn chế nhất định. Cụ thể, các doanh nghiệp được hưởng ưu đãi có doanh thu không quá 3 tỷ đồng và sử dụng không quá 10 lao động; có doanh thu không quá 50 tỷ đồng và sử dụng không quá 100 lao động).
Việc xác định theo tiêu chí này giúp cơ quan Nhà nước thuận lợi trong quản lý; giảm thuế có trọng điểm, tránh tình trạng ưu đãi dàn trải, làm giảm tính hấp dẫn và hiệu quả của chính sách hỗ trợ. Tuy nhiên, số lượng doanh nghiệp được hưởng ưu đãi bị thu hẹp hơn. Chỉ có khoảng 93% số doanh nghiệp được hưởng chính sách ưu đãi này và chỉ làm giảm thu ngân sách nhà nước năm 2020 khoảng 15.840 tỷ đồng.
