Theo Kiểm toán Nhà nước, UBND TP HCM điều chỉnh dự án chưa tuân thủ trình tự thủ tục và chưa đúng thẩm quyền. Cụ thể, dự án điều chỉnh tổng mức đầu tư là 47.325 tỷ đồng. Trong khi theo quy định, với mức vốn trên đã trở thành dự án trọng điểm quốc gia (lớn hơn 35.000 tỷ đồng) thì phải được trình Quốc hội xem xét, đồng thời thẩm quyền quyết định là Thủ tướng.
Bên cạnh đó, cơ quan này quyết định phê duyệt điều chỉnh dự án khi chưa có báo cáo đánh giá hiệu quả đầu tư và chưa rõ ràng về nguồn vốn. Theo cơ quan kiểm toán, vào năm 2010, thư của JICA chỉ xác nhận việc sẽ tính đến việc bổ sung vốn, chưa xác nhận về cho vay.
UBND TP.HCM cũng phê duyệt điều chỉnh thời gian thực hiện dự án từ hoàn thành năm 2017 sang hoàn thành năm 2019 là không tuân thủ trình tự và thẩm quyền. Theo quy định, những dự án quan trọng quốc gia, khi kéo dài thời gian thực hiện từ một năm trở lên, Chính phủ phải báo cáo Quốc hội xem xét, quyết định.
"Đặc biệt, theo kiểm toán, trong một quyết định ban hành năm 2014, ông Hoàng Như Cương, Phó trưởng ban Quản lý đường sắt đô thị TP HCM đã phê duyệt điều chỉnh tăng tổng mức đầu tư và quy mô của dự án quan trọng quốc gia là không đúng quy định.
Cũng bởi đây là dự án thuộc công trình quan trọng quốc gia nên Sở Kế hoạch & Đầu tư TP HCM thực hiện thẩm định để phê duyệt là không đúng thẩm quyền. Bên cạnh đó, nội dung thẩm định không đảm bảo theo quy định, như không đánh giá tổng mức đầu tư, kiểm tra tính đầy đủ, hợp lý của các khoản mục chi phí trong tổng mức đầu tư...
Kiểm toán Nhà nước cũng nêu, Sở Kế hoạch & Đầu tư TP HCM đã trích dẫn những chỉ đạo của chủ tịch UBND TP HCM khi đó là ông Lê Hoàng Quân về việc giao và cho phép cơ quan này thẩm định việc tăng tổng mức đầu tư đối với dự án này.
Về góc độ kỹ thuật, tiêu chuẩn triển khai của dự án, Kiểm toán Nhà nước cũng có nhiều bất cập. Trong đó, dự án áp dụng tiêu chuẩn kỹ thuật hệ thống đường sắt đô thị châu Á - STRASYA vào thiết kế nhưng quá trình áp dụng không tuân thủ đúng theo chỉ dẫn của tiêu chuẩn. Việc điều chỉnh kiểu dáng dầm làm tăng giá trị công trình lên 1.420 tỷ đồng, không đảm bảo tính kinh tế và chưa phù hợp nguyên tắc.
Về tổng mức đầu tư, Kiểm toán Nhà nước khẳng định do hồ sơ thiết kế cơ sở không thể hiện đầy đủ, nhiều hạng mục công trình còn có khoảng 60% giá trị, chưa đảm bảo cơ sở để xác định giá trị tính toán. Bên cạnh đó, các thiết bị vật tư nhập từ Nhật Bản chưa đảm bảo căn cứ pháp lý.
Một số thiết bị nhập khẩu tính toán trong dự toán cao hơn nhiều so với giá dự thầu của 3 nhà thầu. Cụ thể, giá toa tàu tính trong dự toán cao gấp 1,5 lần, giá các trạm điện cao hơn trung bình 3,5 lần, giá hệ thống thu phí cao hơn trung bình 2,8 lần.
Kiểm toán Nhà nước cũng chỉ ra thêm một số nguyên nhân chính khiến metro Bến Thành - Suối Tiên bị đội vốn như giá nguyên vật liệu, tăng lưu lượng khách. Tuy nhiên, Kiểm toán Nhà nước nhận định dự báo lưu lượng khách tăng đột biến gấp hơn 2 lần vào năm 2020 là thiếu độ tin cậy và chính xác.
