Theo đó, được sự chấp thuận của Thủ tướng Chính phủ, Bộ GTVT đã phê duyệt phân kỳ điều chỉnh dự án tuyến metro số 1 Yên Viên – Ngọc Hồi giai đoạn I và đang triển khai thủ tục nghiên cứu điều chỉnh dự án giai đoạn IIA.
Tuy nhiên, trong quá trình thực hiện còn có ý kiến chưa đồng thuận về thẩm quyền điều chỉnh và đề nghị phải báo cáo Chính phủ để báo cáo Quốc hội.
Bên cạnh đó những do khó khăn về nguồn vốn đối ứng để thực hiện giải phóng mặt bằng khu tổ hợp Ngọc Hồi (từ năm 2009 đến 2017 dự án mới được bố trí 388 tỷ đồng, kế hoạch vốn trung hạn 2016-2020 được giao 512 tỷ đồng và mới được bổ sung thêm 1.000 tỷ đồng). Vì thế, khả năng hoàn thành giải phóng mặt bằng, đáp ứng tiến độ hoàn thành giai đoạn 1 vào năm 2024 khó đạt được.
Sau nhiều năm tiến độ “ì ạch”, Bộ GTVT đề xuất Thủ tướng Chính phủ giao Bộ KH-ĐT nghiên cứu, tham mưu Chính phủ xem xét báo cáo Quốc hội có ý kiến về chủ trương thực hiện đối với tổng thể dự án tuyến metro số 1 Yên Viên - Ngọc Hồi.
Trường hợp được Thủ tướng chấp thuận báo cáo Quốc hội, cho phép Bộ GTVT tạm thời điều chỉnh kế hoạch vốn đối ứng năm 2019 (phần còn lại chưa giải ngân) để giải phóng mặt bằng của dự án giai đoạn 1 (khu tổ hợp Ngọc Hồi) cho các dự án khác của ngành GTVT, nhằm đảm bảo kế hoạch giải ngân trong khi chờ Quốc hội có ý kiến.
Đáng lưu ý, Bộ GTVT cũng kiến nghị Chính phủ giao Bộ GTVT tiếp tục là cơ quan chủ quản đầu tư đối với các hạng mục công trình đường sắt quốc gia thuộc giai đoạn 1 (khu tổ hợp Ngọc Hồi). Các hạng mục còn lại thuộc khu tổ hợp Ngọc Hồi và đoạn tuyến từ Ngọc Hồi đến Yên Viên sẽ chuyển giao nhiệm vụ chủ quản đầu tư cho UBND TP. Hà Nội.
Đối với các hạng mục còn lại thuộc Khu Tổ hợp Ngọc Hồi (các khu chức năng, công trình liên quan đến đường sắt đô thị) và đoạn tuyến từ Ngọc Hồi đến Yên Viên, sẽ chuyển giao nhiệm vụ chủ quản đầu tư cho UBND TP. Hà Nội tiếp nhận để tiếp tục triển khai đảm bảo phù hợp với các quy định hiện hành; đảm bảo tính đồng bộ (về tiêu chuẩn, công nghệ áp dụng…) của dự án cũng như đồng bộ với các dự án khác đang triển khai, tạo thuận lợi trong việc điều hành, kết nối với hệ thống giao thông công cộng trên địa bàn thành phố.
Trước đó, tháng 8/2019, Bộ GTVT đã có công văn trả lời kiến nghị của cử tri TP. Hà Nội về việc đẩy nhanh tiến độ dự án Tổ hợp ga Ngọc Hồi (thuộc dự án đường sắt đô thị số 1) để ổn định cuộc sống cho người dân.
Cử tri Hà Nội phản ánh việc giải phóng mặt bằng, đền bù, hỗ trợ tái định cư và giải ngân vốn của tổ hợp ga Ngọc Hồi rất chậm so với kế hoạch, đề nghị Bộ GTVT đẩy nhanh tiến độ thực hiện dự án này trên địa bàn huyện Thanh Trì để nhân dân ổn định cuộc sống.
Trả lời cử tri, Bộ GTVT cho biết dự án xây dựng tổ hợp ga Ngọc Hồi bị ảnh hưởng và chậm triển khai do vụ việc của tư vấn Nhật Bản JTC (bị điều tra hối lộ) năm 2014. Bộ GTVT đã báo cáo Thủ tướng và hiện nay giai đoạn I của dự án đã được điều chỉnh tiến độ (thời gian thực hiện dự án từ năm 2017 đến 2024).
Tại thời điểm đó, dự án đã GPMB được 99 ha/158,7 ha. Nguồn vốn GPMB giải ngân được hơn 800 tỷ đồng. Bộ GTVT đang chỉ đạo Ban quản lý dự án Đường sắt phối hợp với địa phương tiếp tục thực hiện công tác GPMB, tránh tình trạng tái lấn chiếm.