Theo Cơ quan điều tra, Công ty TNHH Thực phẩm Quang Dũng được cấp phép thành lập và đi vào hoạt động từ ngày 30/3/2021, tại số nhà 208 đường Lê Thái Tổ, phường Kỳ Thịnh, thị xã Kỳ Anh. Ngành nghề kinh doanh chính: Khai thác, nuôi trồng thuỷ sản và bán buôn thực phẩm… Người đại diện pháp luật là ông Trần Đình Dũng, sinh năm 1985, trú tại phường Kỳ Thịnh, TX. Kỳ Anh. Chức vụ là Giám đốc.
Trong quá trình điều hành hoạt động kinh doanh của Công ty Quang Dũng, lợi dụng chính sách của Nhà nước về việc các mặt hàng thủy hải sản chưa qua chế biến khi xuất bán cho các doanh nghiệp không phải kê khai nộp thuế GTGT, nếu xuất bán cho khách hàng cá nhân phải nộp 5% thuế GTGT.
Do khách hàng của Công ty Quang Dũng chủ yếu là khách hàng cá nhân, nên Dũng đã chỉ đạo và điều hành nhân viên công ty kê khai bán hàng, xuất hoá đơn khống cho khách hàng là các doanh nghiệp, với mục đích trốn 5% tiền thuế GTGT.
Dũng tìm hiểu trên mạng Internet về thông tin các doanh nghiệp có đăng ký kinh doanh ngành nghề liên quan đến lĩnh vực thực phẩm, sau đó chuyển danh sách các công ty tìm kiếm được cho chị Nguyễn Thị Thuỳ - Kế toán thuế để xuất hoá đơn khống cho các công ty đó.
Căn cứ giá trị và lượng hàng hóa mà Công ty Quang Dũng nhập về kho thì Dũng yêu cầu chị Thuỳ phân bổ, xuất hoá đơn điện tử khống cho các doanh nghiệp với giá trị mỗi hoá đơn dưới 20 triệu đồng để không phải thực hiện thủ tục thanh toán bằng hình thức chuyển khoản.
Trong thời gian từ tháng 4/2021 đến tháng 3/2022, Dũng đã có hành vi bán hàng hóa là thủy, hải sản chưa qua chế biến cho khách hàng là cá nhân, hộ kinh doanh (đối tượng chịu thuế GTGT 5%) nhưng lại chỉ đạo và điều hành nhân viên kê khai bán hàng, xuất hoá đơn khống hơn 15.000 hóa đơn GTGT cho 623 doanh nghiệp trên địa bàn 35 tỉnh, thành phố trên cả nước với giá trị hàng hóa chưa thuế ghi trên hóa đơn là số 292,3 tỷ đồng, số tiền trốn thuế GTGT khoảng 14,62 tỷ đồng.
Ngày 06/8/2022, Cơ quan CSĐT công an tỉnh Hà Tĩnh đã tống đạt các quyết định khởi tố vụ án hình sự, khởi tố bị can đối với Trần Đình Dũng về tội “Trốn thuế” quy định tại Điều 200 Bộ luật Hình sự năm 2015, sửa đổi, bổ sung năm 2017.