Theo Bộ trưởng Nguyễn Mạnh Hùng, bất cập thứ nhất là Luật Giao dịch điện tử năm 2005 loại trừ không áp dụng giao dịch điện tử đối với một số hoạt động cụ thể trong các lĩnh vực tư pháp, đất đai, xây dựng. Việc này hiện gây khó khăn trong công tác triển khai các dịch vụ công trực tuyến.
Riêng đối với lĩnh vực tài chính, Hiệp hội Ngân hàng từng đề xuất 9 nhóm vấn đề cần xem xét điều chỉnh trong Dự thảo Luật Giao dịch điện tử sửa đổi gồm: phạm vi điều chỉnh; quy định chữ ký điện tử và chứng thực điện tử; giao kết và thực hiện hợp đồng điện tử; giá trị pháp lý của giao dịch điện tử; định danh và xác thực điện tử; dịch vụ tin cậy và dịch vụ hỗ trợ giao dịch điện tử; an ninh, an toàn, bảo vệ, bảo mật trong giao dịch điện tử; tranh chấp và xử lý vi phạm; đề xuất các nội dung sửa đổi, bổ sung khác.
Thứ hai là thiếu quy định cụ thể về giá trị pháp lý và đảm bảo độ tin cậy cho một số yếu tố quan trọng trong giao dịch điện tử như: thông điệp dữ liệu, chữ ký điện tử, tài khoản giao dịch điện tử, hệ thống thông tin phục vụ giao dịch điện tử, dịch vụ tin cậy...
Thứ ba là thiếu quy định mang tính chất đặc thù trong hợp đồng điện tử như quy định về giá trị pháp lý của hợp đồng điện tử, giá trị pháp lý của hợp đồng giao kết qua hệ thống thông tin tự động.
Thứ tư là cần bổ sung các quy định cụ thể như các loại hình giao dịch điện tử của cơ quan nhà nước, các hoạt động của cơ quan nhà nước trên môi trường điện tử, các chính sách hỗ trợ giao dịch điện tử của cơ quan nhà nước… để bảo đảm các hoạt động của cơ quan nhà nước được ưu tiên thực hiện toàn trình trên môi trường điện tử.
Thứ năm là cần điều chỉnh Luật Giao dịch điện tử đồng bộ với Luật An toàn thông tin mạng năm 2015 và Luật An ninh mạng năm 2018, trong đó chú trọng đồng bộ bảo đảm an toàn thông tin mạng, an ninh mạng trong giao dịch điện tử.
Thứ sáu là cần quy định cụ thể hệ thống thông tin phục vụ giao dịch điện tử, nền tảng số là phương tiện và môi trường để thực hiện các giao dịch điện tử.
Đồng ý với những quan điểm của Bộ Thông tin và Truyền thông, Chủ tịch Quốc hội Vương Đình Huệ cho rằng Khi sửa đổi Luật Giao dịch điện tử phải đảm bảo liên quan đến chuyển đổi số, an toàn thông tin, an ninh mạng; quản lý theo không gian thực.
Bên cạnh đó cần lưu ý về hạ tầng cơ sở kỹ thuật, công nghệ có đáp ứng được khi mở rộng phạm vi áp dụng của hoạt động giao dịch điện tử tới tất cả các hoạt động của đời sống xã hội. Mặt khác, dự án Luật Giao dịch điện tử (sửa đổi) cũng phải đảm bảo an toàn thông tin, quyền công dân, bí mật riêng tư cho người dân.