Theo Thông báo số 240/TB – VPCP thông báo Kết luận của Phó Thủ tướng Thường trực Chính phủ Trương Hòa Bình, sẽ chấm dứt hoạt động của Tổng công ty Cửu Long và thành lập Ban Quản lý dự án Mỹ Thuận (PMU Mỹ Thuận) là đơn vị sự nghiệp công lập thuộc Bộ GTVT.
Đồng thời, thực hiện sáp nhập Tổng công ty Cửu Long thuộc Bộ GTVT vào Tổng công ty Đầu tư phát triển đường cao tốc Việt Nam thuộc Uỷ ban Quản lý vốn nhà nước tại doanh nghiệp.
Phó Thủ tướng giao Bộ GTVT chủ trì, phối hợp với các Bộ: Tư pháp, Nội vụ hoàn thiện các dự thảo Quyết định thành lập PMU Mỹ Thuận, sửa đổi Quyết định số 33/QĐ-TTg ngày 9/1/2018 và Quyết định số 208/QĐ-TTg ngày 2/3/2016 để bổ sung PMU Mỹ Thuận vào Danh sách các đơn vị sự nghiệp công lập thuộc Bộ GTVT và Quy hoạch mạng lưới các đơn vị sự nghiệp công lập thuộc Bộ GTVT đến năm 2020, định hướng đến năm 2030, bảo đảm chặt chẽ, phù hợp với các quy định của pháp luật, trình Thủ tướng Chính phủ xem xét, ban hành trong tháng 8 năm 2020.
Để thực hiện các nhiệm vụ trên, Bộ GTVT được giao chủ trì, phối hợp với Bộ Tài chính, Uỷ ban Quản lý vốn nhà nước tại doanh nghiệp xác định tài chính, tài sản với tính chất là tài sản của doanh nghiệp, quyền, nghĩa vụ mà Tổng công ty Cửu Long bàn giao cho Tổng công ty Đầu tư phát triển đường cao tốc Việt Nam.
Bên cạnh đó, Ủy ban Quản lý vốn nhà nước tại doanh nghiệp tiến hành sắp xếp lại tổ chức bộ máy, kiện toàn nhân sự của Tổng công ty Đầu tư phát triển đường cao tốc Việt Nam, bảo đảm tinh gọn, hiệu quả, báo cáo Thủ tướng Chính phủ những vấn đề vượt thẩm quyền.
Việc dừng thí điểm mô hình Tổng công ty Cửu Long đã được Bộ GTVT tính đến từ cuối năm 2017, khi hoạt động của Tổng công ty bộc lộ nhiều khiếm khuyết. Cụ thể, vốn điều lệ chưa được cấp đủ (thực tế vốn điều lệ được cấp đến nay là 136,42/1.500 tỷ đồng, chỉ đạt khoảng 9%); không tham gia đầu tư tuyến cao tốc Mỹ Thuận - Cần Thơ và chưa thực hiện được nhiệm vụ vay lại vốn vay thương mại.
Hoạt động của Tổng công ty Cửu Long chủ yếu thực hiện công tác quản lý dự án. Vì vậy, giữa mô hình tổ chức bộ máy (doanh nghiệp) với tình hình sản xuất, kinh doanh (quản lý dự án) chưa thực sự phù hợp.