Trường hợp không có văn bản xác nhận của các Bộ, ngành, cơ quan Hải quan thực hiện thu thuế theo quy định.
Sở dĩ Tổng cục Hải quan có đề nghị này là bởi hiện nay các Bộ, ngành chưa ban hành Danh mục và tiêu chí miễn thuế theo quy định tại Điều 40 Nghị định số 134/2016/NĐ-CP ngày 1/9/2016 của Chính phủ, vì vậy việc yêu cầu có văn bản của các bộ ngành xác nhận Danh mục hàng hóa nhập khẩu của doanh nghiệp sẽ là cơ sở để cơ quan Hải quan thực hiện miễn thuế cho các doanh nghiệp.
Trước đó, văn phòng Chính phủ đã có văn bản truyền đạt ý kiến chỉ đạo của Thủ tướng Chính phủ về việc triển khai thực hiện Nghị định số 134/2016/NĐ-CP ngày 1/9/2016 quy định chi tiết một số điều và biện pháp thi hành Luật thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu.
Trong đó, Thủ tướng Chính phủ yêu cầu các Bộ Kế hoạch và Đầu tư, Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, Thông tin và Truyền thông, Khoa học và Công nghệ, Tài nguyên và Môi trường, Giáo dục và Đào tạo căn cứ nhiệm vụ được giao tại Điều 40 Nghị định số 134/2016/NĐ-CP ngày 1/9/2016 của Chính phủ, trong năm 2017 phải hoàn thành việc ban hành danh mục hoặc tiêu chí hàng hóa làm căn cứ áp dụng chính sách thuế nhập khẩu.
Trong thời gian chờ ban hành, các cơ quan này cần có văn bản thông báo tới các Bộ, cơ quan, doanh nghiệp về danh mục hàng hóa làm căn cứ miễn thuế nhập khẩu theo quy định.