Theo văn bản của Kiểm toán nhà nước, kết quả báo cáo tài chính liên quan đến quản lý sử dụng vốn, tài sản của nhà nước năm 2017 của Tổng công ty Nông nghiệp Sài Gòn – TNHH MTV cho thấy việc chuyển nhượng Dự án khu nhà ở tại Khu phố 4, phường Phước Long B quận 9 của Tổng công ty Nông nghiệp Sài Gòn – TNHH MTV cho Tổng công ty cổ phần Phong Phú (được UBND Thành phố Hồ Chí Minh chấp thuận tại quyết định số 6607/QĐ-UBND ngày 17/11/2017) còn tồn tại sai sót trong việc:
Thực hiện nghĩa vụ về tài chính đất đai: Tại Quyết định số 6607/QĐ-UBND ngày 17/11/2017 của UBND Thành phố, quy mô dự án chuyển nhượng được xác định theo các chỉ tiêu quy hoạch tại Công văn số 71/UBND-QLĐT ngày 10/01/2014 của UBND Quận 9, tuy nhiên Tổng công ty Nông nghiệp Sài Gòn TMV xác định giá trị quyền sử dụng đất theo các chỉ tiêu quy hoạch tại công văn số 1159/SQKV2 ngày 7/5/2009 và Công văn số 1193/ SQHKT-QHKV2 ngày 10/05/2010 của Sở quy hoạch kiến trúc Thành phố trong khi các chỉ tiêu quy hoạch của Dự án tại Công văn số 71/UBND-QLĐT đã thay đổi. Vì vậy Tổng công ty Nông nghiệp Sài Gòn cần phải liên hệ với Sở tài chính để thực hiện nghĩa vụ tài chính bổ sung theo hướng dẫn của Bộ tài chính tại công văn số 14689/BTC-QLCS ngày 01/11/2011.
Về huy động vốn từ khách hàng: Tổng công ty chưa thực hiện đúng cam kết “chưa huy động vốn từ khách hàng để thực hiện dự án dưới mọi hình thức, kể cả hoạt động mua bán nhà ở hình thành trong tương lai” như trong văn bản 488/TCT-KHĐT ngày 16/05/2017 gửi UBND Thành phố HCM. Dự án đã được mở bán từ cuối năm 2013, bàn giao nền đất cho khách hàng từ ngày 30/03/2014. Như vậy Tổng Công ty Nông nghiệp Sài Gòn cam kết chưa huy động vốn của khách hàng không đúng với thực tế.
Về chuyển nhượng dự án: Theo quy định tại điểm n Khoản 3 Điều 5 Thông tư số 78/2014/TT-BBC ngày 18/06/2014 của Bộ tài chính, Tổng Công ty Nông nghiệp Sài Gòn –TNHH TMV có trách nhiệm kê khai nộp thuế thu nhập doanh nghiệp đối với dự án. Tuy nhiên, theo hợp đồng chuyển nhượng, giá chuyển nhượng dự án được xác định là 168,212 triệu đồng, gồm: Chi phí đầu tư của Dự án(161,651 triệu đồng) và khoản “ lợi nhuận sau thuế khoán gọn” cho chủ đầu tư theo tỉ lệ góp vốn 28%( số tiền 5.060 triệu đồng). Do đó, với cách xác định giá chuyển nhượng dự án trên, Tổng Công ty Nông nghiệp Sài Gòn-TNHH MTV đã làm giảm số thuế phải nộp ngân sách nhà nược là 5.421 triệu đồng.
Từ kết quả kiểm toán cho thấy Công ty Nông nghiệp Sài Gòn không liên hệ với cơ quan chức năng để thực hiện nghĩa vụ tài chính bổ sung khi thay đổi các các chỉ tiêu quy hoạch của Dự án. Xác định không đúng giá chuyển nhượng làm giảm số thuế phải nộp ngân sách Nhà nước khi chuyển nhượng dự án Khu nhà ở tại Khu phố 4, phường Phước Long B, quận 9. Đề nghị UBND Thành phố HCM chỉ đạo các cơ quan chức năng của Thành phố kiểm tra, làm rõ để xử lý theo đúng quy định của Pháp luật.
Trước đó, ông Lê Tấn Hùng, nguyên Tổng Giám đốc Sagri và nhiều cán bộ chủ chốt của Sagri đã bị khởi tố và bắt để điều tra hành vi tham ô tài sản, vi phạm quy định về quản lý, sử dụng tài sản nhà nước gây thất thoát, lãng phí.
Tháng 7/2019, Cơ quan Cảnh sát điều tra Bộ Công đã ra quyết định khởi tố bị can, lệnh bắt bị can để tạm giam đối với ông Vân Trọng Dũng - nguyên chủ tịch Hội đồng thành viên Tổng công ty Nông nghiệp Sài Gòn và nguyên kế toán trưởng Nguyễn Thị Thúy do liên quan đến vi phạm qui định về quản lí, sử dụng tài sản Nhà nước gây thất thoát, lãng phí xảy ra tại Sagri.
Tổng công ty CP Phong Phú (Phong Phú Corp) là tên tuổi lớn trong lĩnh vực dệt may, song cũng là nhà đầu tư bất động sản chuyên nghiệp một thời được biết đến với loạt dự án đình đám như Green Pearl 378 Minh Khai (Hà Nội) gần 3 ha, dự án KĐT Sinh thái Đồng Mai (Phú Lãm, Hà Đông, Hà Nội) rộng 226 ha.
Đáng chú ý không kém là bộ đôi dự án hợp tác với Tổng công ty Nông nghiệp Sài Gòn (Sagri): Dự án Khu nhà ở tại phường Phước Long B quy mô 3,7 ha và dự án Cụm công nghiệp Láng Le - Bàu Cò có diện tích 94 ha. Từ năm 2018, cả hai dự án này đã bị Kiểm toán Nhà nước chỉ ra loạt sai phạm liên quan đến công tác quản lí sử dụng đất tại Sagri.
