Theo quy định tại dự thảo, đối với trường hợp đấu thầu lựa chọn nhà đầu tư, tỷ suất lợi nhuận nhà đầu tư tính toán trong giai đoạn lập, phê duyệt Báo cáo nghiên cứu tiền khả thi, Báo cáo nghiên cứu khả thi dự án không vượt quá 15,2%. Tỷ suất lợi nhuận chính thức của nhà đầu tư được xác định thông qua đấu thầu theo quy định của pháp luật.
Đối với trường hợp chỉ định nhà đầu tư, tỷ suất lợi nhuận của nhà đầu tư tối đa không vượt quá 10,6%.
Ngoài ra, theo nhận định của Bộ GTVT, việc quy định mức lợi nhuận tối thiểu đối với dự án PPP là không cần thiết vì doanh nghiệp chấp nhận mức lợi nhuận càng thấp thì càng mang lại lợi ích cho người dân và cho nền kinh tế. Do đó, trên thực tế chỉ cần xác định mức lợi nhuận tối đa.
Thống kê của Bộ GTVT cho biết, Bộ GTVT đang quản lý 67 dự án PPP, tỉ suất lợi nhuận chủ yếu được xác định thông qua đàm phán giữa cơ quan nhà nước có thẩm quyền và nhà đầu tư.
Việc các Bộ quản lý chuyên ngành (trong đó có Bộ GTVT) chủ trì ban hành khung lợi nhuận cho các dự án PPP thuộc phạm vi quản lý của ngành được quy định tại Nghị định số 63/2018/NĐ-CP ngày 04/5/2018. Tháng 6 năm 2020, Quốc hội đã thông qua Luật số 64/2020/QH14 quy định về đầu tư theo phương thức đối tác công tư và có hiệu lực thi hành từ ngày 01/01/2021, thời gian tới, Chính phủ sẽ ban hành các văn bản dưới luật để hướng dẫn thi hành.
Tuy nhiên, trước yêu cầu gấp rút triển khai thực hiện đầu tư các dự án PPP, Bộ Giao thông vận tải nhận thấy cần xây dựng Thông tư khung lợi nhuận theo quy định của Nghị định 63/2018/NĐ-CP.