Theo dự thảo, vốn điều lệ của Quỹ được đề xuất nâng từ 1.000 tỷ đồng lên 3.000 tỷ đồng; đến năm 2022, được cấp đủ 3.000 tỷ đồng. Vốn điều lệ của Quỹ được bổ sung từ nguồn NSNN và từ Quỹ đầu tư phát triển của Quỹ.
Trong giới hạn 3.000 tỷ đồng, Bộ trưởng Bộ Tài nguyên và Môi trường ban hành quyết định bổ sung vốn điều lệ từ nguồn Quỹ đầu tư phát triển của Quỹ; đối với nguồn NSNN, Bộ trưởng Bộ Tài nguyên và Môi trường ban hành quyết định bổ sung vốn điều lệ sau khi có văn bản giao dự toán ngân sách bổ sung vốn điều lệ của Bộ Tài chính. Trường hợp tăng vốn điều lệ vượt mức 3.000 tỷ đồng, Bộ trưởng Bộ Tài nguyên và Môi trường trình Thủ tướng Chính phủ quyết định sau khi thống nhất với Bộ Tài chính.
Vốn bổ sung hằng năm từ các nguồn: NSNN chi sự nghiệp môi trường cấp kinh phí tài trợ, hỗ trợ cho các dự án, nhiệm vụ bảo vệ môi trường đã thực hiện hằng năm và bù đắp các khoản mà Quỹ đã chi thực hiện các chương trình, dự án do Thủ tướng Chính phủ, Bộ trưởng Bộ Tài nguyên và Môi trường giao; lệ phí bán, chuyển chứng chỉ CERs; khoản tài trợ, hỗ trợ, đóng góp tự nguyện, ủy thác đầu tư của các tổ chức, cá nhân trong và ngoài nước; các nguồn vốn của Quỹ đã được tạo lập hợp pháp trước ngày Quyết định này có hiệu lực,...
Nhiệm vụ của quỹ cũng được bổ sung thêm chức năng hỗ trợ tài chính cho các hoạt động phát triển bền vững đồng bằng sông Cửu Long thích ứng với biến đổi khí hậu. Nguyên tắc hoạt động của Quỹ được sửa đổi, bổ sung nguyên tắc Quỹ chịu sự kiểm tra, thanh tra, kiểm toán của cơ quan quản lý nhà nước có thẩm quyền theo quy định của pháp luật; nguồn thu, nhiệm vụ chi của Quỹ không trùng với nguồn thu, nhiệm vụ chi của NSNN.
Quỹ Bảo vệ môi trường Việt Nam được thành lập theo Quyết định số 82/2002/QĐ-TTg ngày 26/6/2002 của Thủ tướng Chính phủ và được tổ chức hoạt động theo Quyết định số 78/2014/QĐ-TTg ngày 26/12/2014 của Thủ tướng Chính phủ.
Quỹ có chức năng cho vay vốn với lãi suất ưu đãi, tài trợ, hỗ trợ lãi suất vay vốn cho hoạt động bảo vệ môi trường và ứng phó với biến đổi khí hậu. Để bảo đảm đáp ứng nhu cầu đầu tư bảo vệ môi trường, ứng phó với biến đổi khí hậu và phát triển bền vững đồng bằng sông Cửu Long thích ứng với biến đổi khí hậu, việc xây dựng dự thảo Quyết định là cần thiết và cấp bách, với các lý do cụ thể như sau: Nguồn vốn chưa đáp ứng nhu cầu hỗ trợ tài chính và sắp cạn kiệt nguồn vốn để ký hợp đồng tín dụng mới; bổ sung nhiệm vụ thực hiện cho vay vốn với lãi suất ưu đãi; tài trợ, đồng tài trợ đối với các chương trình, dự án, nhiệm vụ phát triển bền vững đồng bằng sông Cửu Long thích ứng với biến đổi khí hậu.
