Theo cam kết tại Hiệp định Đối tác Toàn diện và Tiến bộ xuyên Thái Bình Dương ( CPTPP ), Nhật Bản sẽ xóa bỏ ngay thuế nhập khẩu đối với 86% số dòng thuế (chiếm 93,6% kim ngạch xuất khẩu của Việt Nam); xóa bỏ đối với khoảng 95,6% số dòng thuế năm thứ 11.
Nhật Bản cũng cam kết xóa bỏ thuế ngay khi hiệp định có hiệu lực cho 78% kim ngạch xuất khẩu nông sản của Việt Nam; không cam kết mặt hàng gạo; áp dụng hạn ngạch thuế quan hoặc cắt giảm một phần hoặc cam kết kèm theo các biện pháp phòng vệ thương mại đối với thịt trâu bò, thịt lợn, sữa, sản phẩm sữa, lúa mỳ, lúa gạo và các chế phẩm của chúng.
Đáng chú ý, đa số mặt hàng thủy sản có thế mạnh của Việt Nam được hưởng thuế suất 0% ngay sau khi hiệp định có hiệu lực như các mặt hàng cá ngừ vây vàng, cá ngừ sọc dưa, cá kiếm, một số loài cá tuyết, surimi, tôm, cua ghẹ....
Toàn bộ các dòng hàng thủy sản không cam kết xóa bỏ thuế trong FTA Việt Nam - Nhật Bản sẽ được xóa bỏ vào năm thứ 6, năm thứ 11 hoặc năm thứ 16 kể từ khi hiệp định có hiệu lực. Mặt hàng rau quả, cam kết mức thuế 0% vào năm thứ 3 hoặc năm thứ 5 kể từ khi hiệp định có hiệu lực.
