Theo đó, việc kiểm soát và thanh toán vốn ODA, vốn vay ưu đãi (kiểm soát chi) áp dụng theo các quy định hiện hành đối với nguồn vốn ngân sách nhà nước.
Theo quy định tại Nghị định 132/2018/NĐ-CP, kho bạc nhà nước các cấp thực hiện việc kiểm soát hồ sơ thanh toán của dự án hoặc hợp phần dự án được ngân sách nhà nước cấp phát; dự án áp dụng cơ chế cấp phát một phần, vay lại một phần theo tỷ lệ và dự án vay lại của Ủy ban nhân dân cấp tỉnh.
Cơ quan cho vay lại được Bộ Tài chính ủy quyền thực hiện việc kiểm soát hồ sơ thanh toán của dự án hoặc hợp phần dự án áp dụng cơ chế vay lại toàn bộ.
Đối với các chương trình, dự án khác chưa được xác định theo 2 quy định nêu trên, Bộ Tài chính xác định cơ quan kiểm soát chi phù hợp, đảm bảo nguyên tắc không có hai cơ quan kiểm soát chi cùng kiểm soát một hoạt động chi tiêu của dự án.
"Về hình thức kiểm soát chi, kiểm soát chi trước là việc cơ quan kiểm soát chi kiểm tra, xác nhận tính hợp pháp, hợp lệ của khoản chi trước khi chủ dự án rút vốn thanh toán cho nhà thầu, người thụ hưởng. Kiểm soát chi trước áp dụng đối với các khoản chi không thuộc phạm vi quy định dưới đây.
Kiểm soát chi sau là việc cơ quan kiểm soát chi kiểm tra, xác nhận tính hợp pháp, hợp lệ của khoản chi sau khi chủ dự án đã rút vốn thanh toán cho nhà thầu, người thụ hưởng. Kiểm soát chi sau áp dụng với các trường hợp: Thanh toán từ tài khoản tạm ứng cho nhà thầu, nhà cung cấp, trừ tài khoản tạm ứng do Bộ Tài chính là chủ tài khoản áp dụng kiểm soát chi trước. Chuyển tiền từ tài khoản tạm ứng sang tài khoản tạm giữ để thanh toán chi phí kiểm toán độc lập sau khi đóng tài khoản tạm ứng; chuyển tạm ứng từ tài khoản tạm ứng cho các tài khoản cấp hai đối với dự án có nhiều cấp quản lý; các khoản chi từ tài khoản cấp hai cho hoạt động quản lý dự án thuộc dự toán đã được cấp có thẩm quyền phê duyệt.
Trong vòng 30 ngày kể từ ngày rút vốn thanh toán, chủ dự án phải hoàn tất hồ sơ thanh toán gửi cơ quan kiểm soát chi xác nhận để làm cơ sở thực hiện lần thanh toán kế tiếp. Trường hợp thấy cần thiết, chủ dự án có quyền thỏa thuận với nhà thầu áp dụng hình thức kiểm soát chi trước đối với các khoản chi nêu tại quy định trên và gửi cơ quan kiểm soát chi để phối hợp thực hiện.
