Trên cơ sở đề nghị của Bộ GTVT, ý kiến các Bộ: Quốc phòng, Tài chính, Tư pháp, Xây dựng; Ủy ban Quản lý vốn nhà nước tại doanh nghiệp (CMSC), UBND tỉnh Điện Biên, Phó Thủ tướng Chính phủ Trịnh Đình Dũng giao Bộ GTVT và Ủy ban Quản lý vốn nhà nước tại doanh nghiệp thống nhất phương án đầu tư xây dựng mở rộng Cảng hàng không Điện Biên, báo cáo Thủ tướng Chính phủ trong tháng 10/2020.
Hiện đang có khá nhiều cấn cá từ phía CMSC đối với cả 2 phương án đầu tư Dự án mở rộng cảng hàng không Điện Biên mà Bộ GTVT báo cáo Thủ tướng Chính phủ tại công văn số 8189/BGTVT – KHĐT ngày 19/8/2020. Đây cũng chính là các phương án đầu tư mà Bộ GTVT và Tổng công ty Cảng hàng không Việt Nam - ACV đã chỉnh sửa trên cơ sở các ý kiến góp ý của CMSC sau đó trình lại Chính phủ.
Cụ thể, thay vì đầu tư một nhà ga hành khách mới, quy mô 2 triệu lượt hành khách/năm như đề xuất trước đó, ACV cho biết sẽ tận dụng nhà ga hành khách hiện hữu có công suất khoảng 300.000 lượt hành khách/năm để cải tạo, mở rộng, đảm bảo khai thác khoảng 500.000 lượt hành khách/năm. Cách làm tương tự cũng được đơn vị đang khai thác cảng hàng không Điện Biên áp dụng cho Nhà điều hành cảng với mục tiêu thiết thực là kéo giảm chi phí đầu tư. Cùng với đó, sân đỗ máy bay cũng được tiết giảm đáng kể quy mô khi ACV chỉ thiết kế 1 vị trí đỗ tàu bay ATR72 và 2 vị trí đỗ tàu bay A320/A321.
Với quy mô đã được co gọn rất nhiều như trên, tổng mức đầu tư mới của Dự án Mở rộng Cảng hàng không Điện Biên chỉ còn 1.539 tỷ đồng, trong đó, chi phí đầu tư khu bay là 999,4 tỷ đồng, chi phí khu hàng không dân dụng là 256 tỷ đồng; phần còn lại là dự phòng phí. Về phương án đầu tư Bộ GTVT và ACV thống nhất kiến nghị cấp có thẩm quyền triển khai đầu tư Dự án theo 2 hướng.
Với phương án 1, ACV đầu tư toàn bộ hệ thống khu bay (đường cất hạ cánh, sân đỗ…) và khu hàng không dân dụng (nhà ga, nhà làm việc, đường giao thông kết nối) bằng vốn của doanh nghiệp trên diện tích đất sạch do UBND tỉnh Điện Biên thực hiện giải phóng mặt bằng và bàn giao cho Cảng vụ hàng không để triển khai thủ tục giao, thuê đất cho ACV.
Phương án 2, ACV chỉ đầu tư khu hàng không dân dụng, các hạng mục khu bay và giải phóng mặt bằng toàn bộ cảng hàng không Điện Biên sẽ do UBND tỉnh Điện Biên đảm nhận.
Tuy nhiên, ngoài việc chưa làm rõ được bản chất và sự khác nhau giữa 2 phương án nói trên và mối quan hệ trong việc bỏ vốn đầu tư của ACV và quyền sở hữu, khai thác, thu hồi vốn đầu tư của doanh nghiệp, CMSC tiếp tục bày tỏ sự quan ngại lớn về hiệu quả tài chính của Dự án.
Tại công văn số 1680, ngay cả khi ACV đã tiến hành rà soát, điều chỉnh quy mô đầu tư công trình nhưng CMSC vẫn cho rằng với tỷ lệ hoàn vốn nội bộ - IRR đạt có 3,07%; giá trị hiện tại thuần - NPV đạt (-) 1.250 tỷ đồng; thời gian hoàn vốn lớn hơn 50 năm nên Dự án không phù hợp với Luật Quản lý, sử dụng vốn nhà nước đầu tư vào sản xuất, kinh doanh tại doanh nghiệp, đặc biệt về việc đầu tư bảo đảm bảo toàn và phát triển vốn.