Đầu tiên, cơ cấu thị trường vốn Việt Nam còn nhỏ so với các thị trường khu vực, và các cấu phần của thị trường chưa cân đối. Tại thời điểm 30/6/2022, vốn hóa thị trường cổ phiếu đạt khoảng 70,9% GDP, nhỏ hơn các thị trường cổ phiếu trong khu vực (từ 93% - 243% GDP, ngoại trừ Indonesia). Trong đó, khoảng 35% tổng vốn hóa thị trường thuộc sở hữu Nhà nước, còn hạn chế về sở hữu và tính thanh khoản.
Bên cạnh đó, dư nợ thị trường trái phiếu (47% GDP) còn thấp hơn khá nhiều so với thị trường cổ phiếu và một số thị trường khu vực .
Thứ hai, hàng hóa trên thị trường vốn còn thiếu đa dạng, nhiều sản phẩm chất lượng chưa đảm bảo. Vẫn có doanh nghiệp tăng vốn “khống” trước khi niêm yết cổ phiếu, huy động vốn trên thị trường chứng khoán để sử dụng sai mục đích, giá cổ phiếu biến động thất thường....
Thứ ba, cơ sở nhà đầu tư trong nước còn hạn chế, chưa gắn kết giữa chức năng huy động vốn dài hạn của thị trường vốn với hệ thống bảo hiểm, an sinh xã hội. Nhà đầu tư cá nhân chiếm khoảng 80-85% giao dịch trên thị trường cổ phiếu, phần lớn tự đầu tư thay vì uỷ thác qua các quỹ đầu tư chuyên nghiệp nên ảnh hưởng lớn đến tính bền vững của chỉ số VN-Index.
Đáng chú ý, mặc dù số lượng tài khoản nhà đầu tư các nhân tăng đột biến trong giai đoạn 2020-2022, nhưng có nhiều tài khoản không hoặc ít giao dịch.
Thứ tư, công bố thông tin trên thị trường còn một số tồn tại như báo cáo tài chính tự lập có sự chênh lệch lớn so với báo cáo tài chính được kiểm toán. Báo cáo sử dụng vốn huy động chưa công bố đầy đủ, gây khó khăn trong giám sát việc sử dụng vốn. Vi phạm công bố thông tin giao dịch của cổ đông lớn, cổ đông nội bộ và người có liên quan còn khá phổ biến, tiềm ẩn động cơ trục lợi do có lợi thế thông tin và chấp nhận mức xử phạt thấp hơn nhiều lần so với mức thu lợi.
Thứ năm, quản trị công ty đại chúng còn một số hạn chế, chưa tuân thủ quy định về thành viên HĐQT độc lập để dễ bề điều hành kiểm soát, từ đó chuyển doanh thu, lợi nhuận hoặc khách hàng của công ty ra ngoài; công ty có những khoản cho vay thiếu minh bạch đối với thành viên HĐQT, Ban điều hành…
Thứ sáu, một số tiêu chí nâng hạng thị trường lên thị trường chứng khoán mới nổi còn chậm đáp ứng.
Thứ bảy, chất lượng một số tổ chức trung gian (công ty chứng khoán, công ty kiểm toán, công ty thẩm định giá...) chưa đảm bảo, chưa đáp ứng tốt yêu cầu minh bạch, năng lực thẩm định để có hàng hóa chất lượng cho thị trường. Có trường hợp tổ chức trung gian có dấu hiệu thông đồng với tổ chức phát hành trong để cung cấp thông tin sai lệch về tình hình sản xuất kinh doanh nhằm trục lợi của nhà đầu tư.
Thứ tám, gia tăng rủi ro liên thông giữa thị trường vốn với hệ thống tổ chức tín dụng và lĩnh vực bất động sản.
Thời gian gần đây phát sinh hiện tượng một số doanh nghiệp bất động sản, tập đoàn đa ngành trong đó bất động sản là một mảng kinh doanh chính cùng các tổ chức có mối liên quan trực tiếp/gián tiếp tiến hành mua cổ phần, tham gia hoạt động điều hành các định chế tài chính (gồm Ngân hàng Thương mại, công ty chứng khoán, doanh nghiệp bảo hiểm).
Một nhóm cổ đông có thể lách các quy định pháp luật về giới hạn sở hữu cổ phần của cổ đông, cổ đông và người có liên quan tại tổ chức tín dụng và các quy định về giới hạn cấp tín dụng đối với khách hàng tại Luật các Tổ chức tín dụng , từ đó lợi dụng quyền chi phối hoạt động của ngân hàng, “lách” các quy định an toàn, quản trị rủi ro, kiểm soát nội bộ của tổ chức tín dụng để sử dụng nguồn vốn của ngân hàng cấp tín dụng cho các công ty con, công ty “sân sau”, công trong cùng hệ sinh thái của doanh nghiệp bất động sản.
"Việc tích tụ rủi ro tập trung tín dụng có thể ra rủi ro lan truyền giữa thị trường bất động sản và thị trường tài chính", Báo cáo của Ủy ban Giám sát tài chính Quốc gia nhìn nhận