Trong phát biểu bế mạc, Tổng bí thư cho biết, tại hội nghị này, Ban Chấp hành Trung ương đã tiến hành xem xét thi hành kỷ luật đối với ông Đinh La Thăng, Uỷ viên Bộ Chính trị, Bí thư Thành uỷ Tp.HCM do có khuyết điểm và vi phạm rất nghiêm trọng trong công tác lãnh đạo, quản lý và công tác cán bộ trong thời kỳ là Uỷ viên Trung ương Đảng, Bí thư Đảng uỷ, Chủ tịch Hội đồng Thành viên Tập đoàn Dầu khí Quốc gia Việt Nam, để lại hậu quả rất nặng nề, ảnh hưởng xấu đến uy tín của cấp uỷ, tổ chức đảng và cá nhân ông Thăng.
Ban Chấp hành Trung ương đã xem xét kỹ lưỡng, cân nhắc nhiều mặt và đã quyết định thi hành kỷ luật ông Đinh La Thăng bằng hình thức cảnh cáo và cho thôi giữ chức Uỷ viên Bộ Chính trị khoá 12. Tổng Bí thư Nguyễn Phú Trọng cho biết việc tiến hành kiểm điểm đã được chuẩn bị rất nghiêm túc, chu đáo, bài bản, diễn ra trong không khí thẳng thắn, chân tình, cầu thị, là hình mẫu cho cấp dưới noi theo. "Đây là bài học sâu sắc không chỉ đối với ông Đinh La Thăng mà đối với tất cả chúng ta", Tổng bí thư khái quát.
Tổng bí thư cũng nêu rõ, điểm mới của việc kiểm điểm sự lãnh đạo, chỉ đạo của Bộ Chính trị, Ban Bí thư lần này là đã gắn việc kiểm điểm công tác năm với việc thực hiện Nghị quyết Trung ương 4 khoá 12 về xây dựng, chỉnh đốn Đảng.
Trung ương khẳng định, năm 2016, tình hình thế giới và khu vực tiếp tục có những diễn biến nhanh chóng, phức tạp, tình hình trong nước còn nhiều khó khăn, thách thức, có nhiều vấn đề phức tạp mới nảy sinh. Trong bối cảnh đó, Bộ Chính trị, Ban Bí thư luôn vững vàng, đoàn kết thống nhất, tỏ rõ bản lĩnh kiên định và sáng tạo, có các quyết sách đúng đắn, kịp thời để lãnh đạo, chỉ đạo toàn Đảng, toàn dân và toàn quân giành được những kết quả quan trọng trên các lĩnh vực đối nội và đối ngoại, được cán bộ, đảng viên và nhân dân ghi nhận, hoan nghênh, bạn bè thế giới đánh giá cao. Những kết quả đó là đáng khích lệ, tạo tiền đề cho đất nước bước vào một giai đoạn phát triển mới.
Mặc dù vậy, theo Tổng bí thư, công tác lãnh đạo, chỉ đạo của Bộ Chính trị, Ban Bí thư cũng còn một số hạn chế, khuyết điểm. Công tác dự báo chiến lược, hoạch định đường lối, chính sách và tổng kết thực tiễn, nghiên cứu lý luận chưa đáp ứng tốt yêu cầu của tình hình mới. Việc tổ chức thực hiện chủ trương, đường lối của Đảng, luật pháp, chính sách của Nhà nước có mặt, có lúc chưa quyết liệt, kịp thời.
Việc ngăn chặn và đẩy lùi sự suy thoái về tư tưởng chính trị, đạo đức, lối sống, "tự diễn biến", "tự chuyển hoá" trong nội bộ còn khó khăn. Công tác phòng, chống tham nhũng, lãng phí, tiêu cực tuy đạt được kết quả rất đáng khích lệ, nhưng nhìn chung vẫn chưa đáp ứng được yêu cầu đề ra. Còn chậm chỉ đạo xử lý tình trạng thua lỗ, thất thoát nghiêm trọng về vốn và tài sản tại một số tập đoàn, tổng công ty nhà nước.
Các hạn chế khác còn nằm ở hệ thống chính trị ở địa phương, nhất là ở cơ sở, nhiều nơi bộc lộ yếu kém, thậm chí có nơi mất sức chiến đấu. Tình hình an ninh, trật tự, tai nạn, tệ nạn, khiếu kiện còn tiềm ẩn yếu tố bất ổn. Đời sống một bộ phận nhân dân, nhất là công nhân các khu công nghiệp, khu chế xuất, đồng bào các dân tộc thiểu số, vùng sâu, vùng xa, biên giới, hải đảo còn nhiều khó khăn, chậm được cải thiện. Việc lãnh đạo, chỉ đạo, điều hành, kiểm tra, giám sát, tổ chức thực hiện Nghị quyết của Đảng ở một số nơi chưa kịp thời, kém hiệu quả. Nội dung và phương thức lãnh đạo trên một số lĩnh vực còn chậm đổi mới.
