Theo đề án, VNR đề xuất 3 phương án sáp nhập Công ty cổ phần Vận tải đường sắt Sài Gòn và Hà Nội. VNR lựa chọn phương án hợp nhất 2 công ty trên thành một Công ty cổ phần Vận tải đường sắt.
Công ty cổ phần Vận tải đường sắt này sẽ thực hiện việc phân chia, bóc tách về tổ chức, lao động, vốn, tài sản để thành lập công ty con chuyên kinh doanh vận tải hàng hóa (là công ty cổ phần có vốn góp không chi phối của doanh nghiệp hợp nhất). Như vậy, thị trường vận tải hàng hóa do công ty con đảm nhận và thị trường vận tải hành khách do Công ty cổ phần Vận tải đường sắt đảm nhận.
Mục tiêu của việc sáp nhập chuyên môn hoá, tách bạch vận tải hàng hoá và vận tải hành khách. Đồng thời thu hút các thành phần kinh tế khác tham gia, đầu tư vào vận tải hàng hóa, hành khách để khai thác nguồn lực xã hội về tài chính, công nghệ, thị trường và đặc biệt là quản trị.
Phương án này cũng hạn chế tối đa cạnh tranh nội bộ, tập hợp nguồn lực để nâng cao năng lực cạnh tranh với các phương thức vận tải khác, hạ giá thành vận tải… tận dụng lợi thế vận tải, nghiên cứu cung cấp dịch vụ trọn gói, tạo thuận lợi cho khách hàng để tăng thị phần, tạo thêm việc làm, tăng năng suất lao động, nâng cao đời sống thu nhập cho người lao động.
Liên quan đến đề xuất trên, một số ý kiến từ Ủy ban Quản lý vốn Nhà nước tại doanh nghiệp, Bộ GTVT đề nghị VNR cần nêu rõ cơ sở pháp lý, đặc biệt là việc sắp xếp người lao động sau khi hợp nhất.
Theo lãnh đạo VNR, về hợp nhất doanh nghiệp đã có hành lang pháp lý và được luật hóa tại Luật Doanh nghiệp nên có đủ cơ sở để tổ chức thực hiện. Do vậy, thời gian chuyển đổi mô hình tổ chức sẽ nhanh, sớm ổn định để tổ chức sản xuất kinh doanh có hiệu quả (thời gian khoảng 110-120 ngày).
VNR cũng khẳng định việc sáp nhập ít gây xáo trộn về tổ chức và nhân lực. Tiết kiệm được chi phí phát sinh của quá trình cơ cấu lại các doanh nghiệp vận tải đường sắt, như không phải thực hiện đánh giá lại các tài sản và tổ chức đấu giá…
Bên cạnh đó, doanh nghiệp hợp nhất sẽ tiếp tục sử dụng lao động hiện có và tiến hành việc sửa đổi, bổ sung hợp đồng lao động, không làm phát sinh khoản kinh phí lớn do chấm dứt hợp đồng lao động và phải trợ cấp cho người lao động.
Sau khi đề án được phê duyệt, VNR sẽ thuê tư vấn thực hiện hợp nhất hai công ty. Đồng thời, tổ chức định giá để xác định tỉ lệ hoán đổi cổ phần của hai công ty vận tải đường sắt sang công ty hợp nhất và đề xuất phương án hợp nhất, báo cáo Ủy ban Quản lý vốn Nhà nước tại doanh nghiệp phê duyệt trước khi thực hiện.