Theo Công văn 786/TCT- KK gửi các cục thuế về việc hướng dẫn chuyển HKD lên doanh nghiệp theo quy định tại Nghị định số 108/2018/NÐ-CP hướng dẫn về đăng ký doanh nghiệp, các doanh nghiệp chuyển đổi từ HKD được cấp mới mã số doanh nghiệp theo giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp.
Mã số thuế của HKD sẽ chấm dứt hiệu lực (bao gồm toàn bộ mã số thuế 10 số của HKD và các mã số thuế 13 số địa điểm kinh doanh của HKD trên toàn quốc). Tuy nhiên, mã số thuế của HKD khi chấm dứt hiệu lực vẫn được tiếp tục sử dụng làm mã số thuế cá nhân của người đại diện HKD.
Trong trường hợp HKD không hoàn thành nghĩa vụ thuế , doanh nghiệp nhỏ và vừa chuyển đổi từ HKD kế thừa toàn bộ quyền, nghĩa vụ và lợi ích hợp pháp của HKD theo quy định của pháp luật.
Trường hợp công ty trách nhiệm hữu hạn hoặc công ty cổ phần được thành lập trên cơ sở chuyển đổi từ HKD, chủ HKD (người đại diện HKD) phải chịu trách nhiệm bằng toàn bộ tài sản của mình đối với các khoản nợ chưa thanh toán của HKD, trừ trường hợp có thỏa thuận khác theo quy định của pháp luật.
Để xử lý chấm dứt hiệu lực mã số thuế của HKD và chuyển nghĩa vụ thuế của HKD, Tổng cục Thuế cho biết, sau khi nhận được giao dịch hoàn thành cấp giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp của hệ thống đăng ký kinh doanh truyền sang, hệ thống thông tin thuế tự động cập nhật mã số thuế (bao gồm mã số thuế 10 số và các mã số thuế 13 số) về trạng thái 03 “Người nộp thuế ngừng hoạt động nhưng chưa hoàn thành thủ tục chấm dứt hiệu lực mã số thuế” với lý do 21 “chuyển đổi HKD thành doanh nghiệp vừa và nhỏ”.