Cụ thể, Cục Thuế Hà Nội đã thực hiện cưỡng chế tài khoản của Tổng công ty Đầu tư Phát triển đường cao tốc Việt Nam (VEC) tại 5 ngân hàng thương mại (ngân hàng SCB - Chi nhánh Hà Nội, Ngân hàng VietinBank - Chi nhánh Đống Đa, Sở Giao dịch Vietcombank, Ngân hàng MB - Chi nhánh Thăng Long, Ngân hàng BIDV - Sở giao dịch 3).
Trong thời gian từ 1/7/2016 đến năm 2017, Cục Thuế Hà Nội đã thực hiện hoàn thuế giá trị gia tăng (VAT) cho VEC thành 9 đợt, tổng số tiền hoàn thuế VAT hơn 949,7 tỷ đồng, theo hình thức hoàn thuế trước kiểm tra sau.
Tuy nhiên, trong quá trình thanh tra sau hoàn thuế VAT đối với VEC, Cục Thuế Hà Nội phát hiện VEC không đáp ứng đủ điều kiện để được hoàn thuế VAT đối với dự án đầu tư. Do đó, Cục Thuế Hà Nội đã ban hành 2 quyết định thu hồi số tiền thuế VAT đã hoàn, với số tiền hơn 949,7 tỷ đồng đã hoàn cho VEC trước đó, và tiền chậm nộp hơn 83,46 tỷ đồng. Tổng số thuế phải thu hồi và tiền chậm nộp là hơn 1.033 tỷ đồng.
Do VEC chưa thực hiện quyết định của cơ quan thuế, ngày 28/5/2019, Cục thuế Hà Nội đã ban hành 5 quyết định cưỡng chế thuế bằng biện pháp trích tiền từ tài khoản của VEC tại 5 ngân hàng thương mại, thời gian từ tháng 6-7/2019.
Theo Cục Thuế Hà Nội, trong quá trình đôn đốc thu hồi số tiền hoàn thuế và tiền chậm nộp này, Cục Thuế Hà Nội đã hỗ trợ, hướng dẫn, tạo điều kiện cho VEC liên hệ với Bộ chủ quản để xử lý sai sót cũng như thu xếp nguồn tài chính để thực hiện hoàn trả ngân sách nhà nước nhưng đến nay VEC vẫn chưa thực hiện quyết định của cơ quan thuế.
Cục Thuế Hà Nội khẳng định ngoài biện pháp cưỡng chế trích tiền từ tài khoản ngân hàng, Cục Thuế Hà Nội không đề nghị các ngân hàng phong tỏa tài khoản, không thực hiện khấu trừ lương, thu nhập của người lao động...
Theo Cục Thuế Hà Nội, thông tin phản ánh việc cơ quan thuế cưỡng chế truy thu 5.000 tỷ đồng là không đúng. Ngoài ra, thông tin “các tài khoản của VEC mở tại các Ngân hàng thương mại và kho bạc bị phong tỏa, dừng hoạt động không thực hiện được các giao dịch, thanh toán; dừng thu phí trên toàn bộ các tuyến cao tốc do VEC quản lý...”; hoặc “trong 6 tháng vừa qua, gần như mọi hoạt động liên quan đến dòng tiền đi, đến của VEC đóng băng sau khi Cục thuế TP Hà Nội ra quyết định hành chính thuế...” là chưa đúng với thực tế.