Theo cáo trạng của vụ Hà Văn Thắm cùng 50 đồng phạm đang được Tòa án Nhân dân TP. Hà Nội đưa ra xét xử từ ngày 28/8/2017, do thời gian điều tra của vụ án đã hết nên tách 5 hành vi có dấu hiệu phạm tội để tiếp tục điều tra, xử lý trong giai đoạn 2 của vụ án.
Trong đó có hành vi, trách nhiệm liên quan đến việc góp vốn của cổ đông có vốn Nhà nước vào Ngân hàng Đại Dương (OceanBank), mà cụ thể là Tập đoàn Dầu khí Việt Nam (PVN) góp 800 tỷ đồng (20% vốn ngân hàng), đến nay không có khả năng thu hồi do OceanBank đã bị Ngân hàng Nhà nước mua với giá 0 đồng dẫn tới các đơn vị này bị lỗ số tiền góp vốn. Ngoài ra đối với Công ty cổ phần đầu tư và xây dựng Sông Đà góp vốn 266 tỷ (6,65%) đế nay không có khả năng thu hồi cũng cần được làm rõ.
Việc các cá nhân, tổ chức kinh tế gửi tiền và nhận các khoản lãi ngoài từ các đơn vị của OceanBank cũng được tách ra. Theo tài liệu điều tra, trong giai đoạn từ 2011 -2014 đã có 51.468 cá nhân và 392 tổ chức kinh tế gửi tiền tại ngân hàng và nhận tiền chi lãi ngoài. Các khoản tiền chi lãi ngoài đó xuất phát từ hành vi vi phạm pháp luật của Hà Văn Thắm và các đồng phạm, các khoản tiền này không thể hiện trong hợp đồng tiền gửi, sổ tiết kiệm của khách hàng với ngân hàng, trong đó có nhiều khách hàng có số tiền gửi lớn là các tổ chức kinh tế, doanh nghiệp thuộc PVN và Tổng công ty công nghiệp tàu thủy Việt Nam (Vinashin) có dấu hiệu thông đồng với lãnh đạo, nhân viên ngân hàng nhận lãi ngoài để hưởng lợi bất chính.
Cơ quan công an đã có công văn gửi tới 392 tổ chức kinh tế yêu cầu giải trình, cung cấp số liệu liên quan đến việc nhận tiền và yêu cầu nộp lại số tiền lãi ngoài hưởng lợi bất chính từ hành vi sai trái của OceanBank nhưng đến nay mới có 143 tổ chức trả lời, trong đó 19 tổ chức khẳng định có nhận tiền lãi ngoài và nộp lại số tiền tổng cộng hơn 3 tỷ đồng. 124 tổ chức trả lời nhưng khẳng định không nhận được tiền lãi ngoài. Vẫn còn 249 tổ chức kinh tế chưa có văn bản trả lời.
Liên quan đến vụ việc này, ngày 13/10/2016 cơ quan điều tra đã khởi tố và bắt tạm giam với Trần Đức Chính, nguyên kế toán trưởng Vinashin nay là SBIC về tôi lợi dụng chức vụ quyền hạn khi thi hành công vụ để điều tra làm rõ. Đối với PVN và các công ty con, cơ quan điều tra đã khởi tố điều tra làm rõ việc nhận tiền lãi ngoài của Nguyễn Xuân Sơn, số còn lại đang tiếp tục xử lý.
Do thời gian đã hết, diện đối tượng rộng và hành vi của các đối tượng lại độc lập với hành vi của các bị can đã khởi tố nên cơ quan cảnh sát điều tra cũng quyết định tách riêng vụ án này để điều tra quyết liệt nhằm thu hồi tài sản, đảm bảo khách quan, công bằng và nghiêm minh.
Ngoài 2 hành vi nêu trên, một hành vi nữa nằm trong 5 hành vi được tách ra đề điều tra tiếp ở giai đoạn 2 của vụ án còn liên quan đến 8 khách hàng của OceanBank gồm Công ty TNHH Bất động sản TNN; công ty CP BSC Việt Nam; công ty CP đầu tư và tư vấn tài chính Liên Việt; công ty CP tập đoàn Vina Megastar; công ty CP đầu tư Toàn Việt; Công ty CP đầu tư Nam Định; công ty CP sân golf Ngôi sao Chí Linh và Công ty CP tư vấn đầu tư xây dựng và kinh doanh nhà với tổng dư nợ nhóm 5 tức có khả năng mất vốn lên đến 2.652 tỷ đồng trong đó dư nợ gốc 1.785 tỷ và nợ lãi, phạt gần 867 tỷ. Bên cạnh đó, Cơ quan điều tra hiện đang yêu cầu OceanBank rà soát, đánh giá làm rõ các tình trạng các khoản vay khác và xác định khả năng trả nợ của khách hàng, yêu cầu thu hồi nợ trước hạn và phối hợp với đoàn giám định NHNN xác định hậu quả với từng khoản vay không có khả năng thu hồi.
Hành vi tiếp theo cũng được tách ra để xử lý ở giai đoạn 2 của vụ án là liên quan việc lập khống 9 hồ sơ vay 137 tỷ đồng tại OceanBank phòng giao dịch Đào Duy Anh thuộc chi nhánh Hà Nội. Cho đến nay toàn bộ số tiền nợ gốc đã được thu hồi, gồm OceanBank thu hồi được hơn 26 tỷ tiền gốc và hơn 1,5 tỷ tiền lãi phạt do 2 cá nhân tự thanh lý hợp đồng; công ty Viptour-Togi chuyển nộp vào tài khoản tạm giữ của Cục Cảnh sát điều tra tội phạm kinh tế và tham nhũng hơn 111,8 tỷ. Liên quan đến khoản vay này có Hà Văn Thắm, Nguyễn Việt Hà (giám đốc OceanBank Đào Duy Anh), Trần Trung Kiên (trưởng phòng) và Nguyễn Anh Tuấn (cán bộ giao dịch). Cơ quan điều tra quyết định tách các hành vi này sang giai đoạn 2 của vụ án cùng với một số khoản vay khác có dấu hiệu vi phạm.
